在資源和環境領域從事多學科綜合性基礎理論和應用研究的國傢級專業機構。1999年9月於北京成立。由1953年成立於南京的中國科學院地理研究所（1958年遷北京，前身是1940年成立於重慶的中國地理研究所）和1956年成立於北京的中國科學院自然資源綜合考察委員會整合而成。中科院地理所歷任所長黃秉維(1953～1983)、左大康(19984～1991)、鄭度(1991～1995)、劉燕華(1995～1997)、陸大道(1997～1999)。考察委員會歷任主任：竺可楨(1956～1974)、漆克昌(1979～1982)、孫鴻烈(1983～1993)、趙士洞(1994～1997)。整合後所長劉紀遠(1999～2008)、劉毅（2008～ ）。2006年，設有6個研究中心、1個國傢重點實驗室與2個院重點實驗室。有中國科學院院士7人、中國工程院院士3人。2000年以來，該所確立“兩個長期科學計劃，六個學科方向”的研究格局。兩個計劃是陸地表層系統關鍵過程與多要素相互作用機理和人地關系地域系統與中國區域發展。六個學科研究方向為陸地表層系統研究、人地關系地域系統研究、生態系統網絡研究、地球信息科學研究、資源科學研究、農業和農村發展戰略研究等。1978～2005年，獲省部級以上特科技成果獎勵269項，其中獲國傢獎39項，中國科學院特等獎3項。主辦《地理學報》（中、英文）、《自然資源學報》、《資源科學》、《地理研究》、《地理科學進展》、《地球信息科學》、《中國地理與資源文摘》、《中國國傢地理》等。