真核超界中的一界。過去曾與原生動物界(Protozoa)一起被歸入原生生物界(Protoctista)，但細胞生物學和分子生物學等方面的證據都否定瞭藻菌界與原生動物界分類地位接近的認識。該界主要包括單細胞的、絲狀的或群集型原始光營養的生物。與真菌界不同，其細胞壁不含幾丁質和β–葡聚糖，而含纖維素。葉綠體若存在，則位於粗糙內質網腔中，為葉綠素a和葉綠素c，缺少澱粉和藻膽蛋白體。在周質膜內有一雙膜包被，線粒體通常具有管狀脊。有高爾基體體和過氧化物酶體。鞭毛若存在，則為茸鞭式或尾鞭式。含10個門，被研究的有三個：絲壺菌門、網黏菌門和卵菌門；它們之中的一部分曾被稱為“鞭毛菌”。此界還包括金藻、褐藻、矽藻、隱藻等低等藻類（不含綠藻和紅藻）。除褐藻外，一般個體微小。