原蟲侵入人體引起的疾病。進入人體的原蟲可寄生在腔道、體液或內臟組織內，有的是細胞內寄生。此病可經口或媒介生物傳播，也可經宮內（垂直）傳播。其癥狀和對人體的危害也因蟲種、寄生部位及宿主免疫狀態等而異，通常寄生於組織內者較寄生於腔道者危害性要大。此病呈世界性分佈，但以熱帶和亞熱帶地區尤為多見。
原蟲屬原生動物亞界，是單細胞真核生物，蟲體由表膜、胞質和胞核組成。表膜可保持蟲體外形，也有調控代謝與物質運輸作用，並不斷更新，具有很很強的抗原性。胞質由基質（原生質）和細胞器組成，前者是進行新陳代謝的場所，後者各行其不同生理功能。致病性原蟲的生殖方式有無性生殖，有的原蟲以有性和無性生殖相互交替繁殖。
分類 根據蟲體寄生部位，將原蟲病分為：①腸道原蟲病如腸阿米巴病；②肝膽系統原蟲病如阿米巴肝膿腫(見阿米巴病)；③血液淋巴系統原蟲病如瘧疾；④神經系統原蟲病如非洲錐蟲病；⑤皮膚肌肉原蟲病如皮膚利什曼病（見利什曼原蟲病）；⑥肺部原蟲病如卡氏肺孢子蟲病；⑦眼部原蟲病如眼弓形蟲病；⑧泌尿生殖系原蟲病如滴蟲性陰道炎(見滴蟲病)。值得註意的是，有些原蟲所致病變常不局限於一個臟器，而是多臟器同時受累。
診斷 主要依據在患者體液或排泄物中找到原蟲，免疫學檢查方法對原蟲病具有診斷價值，可用已知抗體檢測患者血清或排泄物中蟲體抗原，也可用已知抗原檢測抗體。PCR（聚合酶鏈式反應）對早期診斷有重要價值。
治療 根據不同蟲種應用不同藥物。