根據系統組成部分之間的同構關係定義的系統。系統是由互相關聯的一些事物(即系統的組成部分)所組成的有機整體。所謂事物通常指物件、元件、變數、屬性、現象等。關係則指結構、組織、約束、交連等。對系統的分類可基於兩類準則：①組成部分所屬類型；②組成部分之間一定類型的關係。這兩類分類準則是互相獨立的，並可組合運用。按準則①的分類方法是傳統的分類方法，例如可把科學技術分為學科和專業（數學、物理、化學、生物、政治、經濟等）。不同的事物要求用不同的實驗方法獲取資料，因此按按準則①的分類方法是基於實驗的分類方法。按準則②的分類方法不考慮事物的類型,即不考慮數據的獲取方法隻考慮數據的處理方法,是一種理論上的分類方法。例如按認識論等級分類的系統就是這類系統。處於認識論等級的 0級的系統是變量的集合。變量集合代表每個變量所確定的可能狀態的集合或某種操作的集合。所謂操作描述瞭變量的含義，即由操作確定的與自然屬性或表現形式有關的狀態。0 級系統又稱初級系統（表示處於系統研究過程的初級階段）、源系統(表示實驗數據的來源)或無數據系統（表示現階段尚無數據可用）。用數據補充初級系統後就得到 1級系統，即數據系統。可通過觀測獲取數據(即系統建模)或按所要求方式定義數據（即系統設計）。2級系統具有總體特征，可用於產生數據,又稱產生式系統。3級系統是互相作用的產生式系統的集合,又稱結構系統。4級系統可通過對元特征表述的擴展來改變和限制特征表述。元特征表述規定瞭對單個子系統的限制和對子系統之間相互作用的限制。4級系統又稱元系統。類似地,元特征表述可由元-元特征表述擴展而來，對應的系統即為5級系統,又稱元-元系統或二級元系統。初級系統又可按方法論的差別分類。例如，將變量分為輸入輸出的初級系統稱為有向系統，而未作這種區分的稱為中性系統。又如確定性變量與模糊變量，離散變量與連續變量，無特性狀態集合、有序（偏序或全序）狀態集合與構成測度空間的狀態集合等都是按方法論分類的例子。因為初級系統包含在更高級的系統中，所以用認識論等級分類的系統還可以按方法論進一步細分。系統的最小類即為在各級關系上等價的那些系統，即同構系統。用同構系統作為類的表達同組成系統的事物無關。