1950年8月成立於上海。目前的主要研究方向是：以天然有機產物與金屬和非金屬有機化合物為主要研究物件，從研究有機合成化學和物理有機化學著手，發展有機化學的反應、方法和理論，並積極從事一批具有較大經濟或社會效益的應用研究。共設17個研究室和一個開發公司。
該所的主要研究內容可分為4大類：①天然有機和生物有機化學：甾體激素、前列腺素、昆蟲激素、核酸的合成及應用、類除蟲菊酯、碳水化合物、單細胞蛋白、多肽、萜類化學和植物堿；②元元素有機化學：有機氟化學、有機鈦化學和過渡金屬有機催化、稀土和有機鈀化學、有機磷化學、萃取化學、萃取劑結構與性能、有機硼化學及燃速催化劑；③物理有機化學和譜學：物理有機化學、計算機化學、激光化學、各種譜學和新的有機結構分析方法；④高分子和有關材料：含氟高分子和功能材料、液晶化學及其材料。
到1985年為止，共取得300餘項科技成果，其中獲國傢自然科學獎的有5項，獲國傢創造發明獎的有15項，獲部、委、院和省市級各種嘉獎的科技成果有83項。其中的重大的科技成果有：結晶牛胰島素全合成（與其他單位合作），獲1982年國傢自然科學一等獎；酵母丙氨酸轉移核糖核酸全合成（與其他單位合作），獲1982年中國科學院重大科技成果一等獎；從天花粉中提取結晶天花粉蛋白，獲1983年國傢發明二等獎；可的松的七步合成法，獲1966年國傢發明獎；甾體激素的合成與甾體反應的研究獲1982年國傢自然科學二等獎；有機氟化學和自由基化學的研究，獲1982年國傢自然科學三等獎，氟塑料－46的新聚合方法與新品種，獲1983年國傢發明二等獎；石油發酵深度脫蠟，生產飼料蛋白和核酸的高產核酵母，獲1983年中國科學院重大科技成果一等獎；萃取劑的結構與性能研究，獲1983年國傢自然科學二等獎；高活性的胂葉立德在有機合成中的應用，獲1982年國傢自然科學三等獎等。該所還培養研究生，為國傢批準的可授予碩士和博士學位的單位；還受中國化學會的委托，編輯出版《化學學報》和《有機化學》刊物。（見彩圖）
中國科學院上海有機化學研究所的金屬有機合成實驗室
中國科學院上海有機化學研究所的實驗大樓