儲存晶體學資料、原子座標參數以及詳細的化學內容和參考文獻的、以電腦控制管理的資料庫。它對所收集的大量分子結構資料進行瞭全面的、廣泛的整理、核對和品質評價,因此它所提供的資料要比原始文獻更為準確。這些資訊由可靠的、恰當的軟體管理,可以方便地檢索、篩選和進行系統的分析,還可對資料進行加工並繪成各種規格的圖形。晶體結構資料庫的作用為:①獲得精確的分子幾何圖形資訊;②檢索給定幾何形狀的分子;③繪製構象變化過程的圖像;④從分子幾何形狀決定其電子性質;⑤分析分子間的的相互作用;⑥推斷一些反應的機理。