食品中混進瞭對人體健康有害或有毒的物質，這種現象稱為食品污染。污染食品的物質稱為食品污染物。食用受污染的食品會對人體健康造成不同程度的危害。
食品污染分類 可分為生物性污染、化學性污染和放射性污染。
生物性污染：主要是由有害微生物及其毒素、寄生蟲及其蟲卵和昆蟲等引起的。肉、魚、蛋和奶等動物性食品易被致病菌及其毒素污染，導致食用者發生細菌菌性食物中毒和人畜共患的傳染病。致病菌主要來自病人、帶菌者和病畜、病禽等。致病菌及其毒素可通過空氣、土壤、水、食具、患者的手或排泄物污染食品。被致病菌及其毒素污染的食品，特別是動物性食品，如食用前未經必要的加熱處理，會引起沙門氏菌或金黃色葡萄球菌毒素等細菌性食物中毒。食用被污染的食品還可引起炭疽、結核和佈氏桿菌病（波狀熱）等傳染病。
黴菌廣泛分佈於自然界。受黴菌污染的農作物、空氣、土壤和容器等都可使食品受到污染。部分黴菌菌株在適宜條件下，能產生有毒代謝產物，即黴菌毒素（見黴菌污染對健康的影響）。如黃曲黴毒素和單端孢黴菌毒素，對人畜都有很強的毒性。一次大量攝入被黴菌及其毒素污染的食品，會造成食物中毒；長期攝入小量受污染食品也會引起慢性病或癌癥。有些黴菌毒素還能從動物或人體轉入乳汁中，損害飲奶者的健康。
微生物含有可分解各種有機物的酶類。這些微生物污染食品後，在適宜條件下大量生長繁殖，食品中的蛋白質、脂肪和糖類，可在各種酶的作用下分解，使食品感官性狀惡化，營養價值降低，甚至腐敗變質。
污染食品的寄生蟲主要有絳蟲、旋毛蟲、中華枝睪吸蟲和蛔蟲等。污染源主要是病人、病畜和水生物。污染物一般是通過病人或病畜的糞便污染水源或土壤，然後再使傢畜、魚類和蔬菜受到感染或污染。
糧食和各種食品的貯存條件不良，容易孳生各種倉儲害蟲。例如糧食中的甲蟲類、蛾類和蟎類；魚、肉、醬或咸菜中的蠅蛆以及咸魚中的幹酷蠅幼蟲等。棗、栗、餅幹、點心等含糖較多的食品特別容易受到侵害。昆蟲污染可使大量食品遭到破壞，但尚未發現受昆蟲污染的食品對人體健康造成顯著的危害。
化學性污染：主要指農用化學物質、食品添加劑、食品包裝容器和工業廢棄物的污染，汞、鎘、鉛、砷、氰化物、有機磷、有機氯、亞硝酸鹽和亞硝胺及其他有機或無機化合物等所造成的污染。造成化學性污染的原因有以下幾種：①農業用化學物質的廣泛應用和使用不當。②使用不合衛生要求的食品添加劑。③使用質量不合衛生要求的包裝容器，造成容器上的可溶性有害物質在接觸食品時進入食品，如陶瓷中的鉛、聚氯乙烯塑料中的氯乙烯單體都有可能轉移進入食品。又如包裝蠟紙上的石蠟可能含有苯並(a)芘，彩色油墨和印刷紙張中可能含有多氯聯苯，它們都特別容易向富含油脂的食物中移溶。④工業的不合理排放所造成的環境污染也會通過食物鏈危害人體健康。
放射性污染：食品中的放射性物質有來自地殼中的放射性物質，稱為天然本底；也有來自核武器試驗或和平利用放射能所產生的放射性物質，即人為的放射性污染（見放射性污染對健康的影響）。某些魚類能富集金屬同位素，如137銫和90鍶等。後者半衰期較長，多富集於骨組織中，而且不易排出，對機體的造血器官有一定的影響。某些海產動物，如軟體動物能富集90鍶，牡蠣能富集大量65鋅，某些魚類能富集55鐵。
對人體健康的危害 有多方面的表現。一次大量攝入受污染的食品，可引起急性中毒，即食物中毒，如細菌性食物中毒、農藥食物中毒和黴菌毒素中毒等。長期(一般指半年到一年以上)少量攝入含污染物的食品，可引起慢性中毒。造成慢性中毒的原因較難追查，而影響又更廣泛，所以應格外重視。例如，攝入殘留有機汞農藥的糧食數月後，會出現周身乏力、尿汞含量增高等癥狀；長期攝入微量黃曲黴毒素污染的糧食，能引起肝細胞變性、壞死、脂肪浸潤和膽管上皮細胞增生，甚至發生癌變。慢性中毒還可表現為生長遲緩、不孕、流產、死胎等生育功能障礙，有的還可通過母體使胎兒發生畸形。已知與食品有關的致畸物質有醋酸苯汞、甲基汞、2，4-滴、2，4，5-涕中的雜質四氯二苯二鴰英、狄氏劑、艾氏劑、DDT、氯丹、七氯和敵枯雙等。
某些食品污染物還具有致突變作用。突變如發生在生殖細胞，可使正常妊娠發生障礙，甚至不能受孕，胎兒畸形或早死。突變如發生在體細胞，可使在正常情況下不再增殖的細胞發生不正常增殖而構成癌變的基礎。與食品有關的致突變物有苯並(a)芘、黃曲黴毒素、DDT、狄氏劑和烷基汞化合物等。
有些食品污染物可誘發癌腫。例如，以含黃曲黴毒素B1的發黴玉米或花生飼養大鼠，可誘發肝癌。與食品有關的致癌物有多環芳烴化合物、芳香胺類、氯烴類、亞硝胺化合物、無機鹽類（某些砷化合物等）、黃曲黴毒素B1和生物烷化劑(如高度氧化油脂中的環氧化物)等。
預防措施 預防食品污染必須采取綜合措施，主要是：①制訂、頒發和執行食品衛生標準和衛生法規。制定有關食品容器、包裝材料的衛生要求和標準。制定食品運輸衛生條例，以保證食品在運輸過程中不受污染和因受潮而變質。②加強禽畜防疫檢疫和肉品檢驗工作。③制訂防止污染和黴變的加工管理條例和執行有關衛生標準。制訂貫徹農藥安全使用的措施和法規，提供更多高效、低毒、低殘留農藥以取代高毒、高殘留農藥（有機氯、有機汞等）。④加強工業廢棄物的治理。⑤加強食品檢驗和食品衛生監督工作。