農藥能夠防治農業病蟲害，調節植物生長，抑制雜草繁殖。但施用不當，也會造成污染。農藥及其降解產物對植物產生下述影響：
直接影響 即農藥對植物的藥害，主要是農藥所產生的化學作用和物理作用造成的。化學作用如不溶於水的藥劑（如銅製劑、砷製劑、石硫合劑等）在植物葉面上變為可溶於水的物質，滲透入植物組織內而造成藥害；又如鹼性藥劑(如松脂合劑、石灰過量式波爾多液等)侵蝕植物葉面表皮細胞而造造成藥害。物理作用如藥液（如波爾多液、石油乳劑等）堵塞植物的氣孔或油類物質(如石油乳劑及其他乳化不良的乳劑)滲透入植物葉面，都會造成藥害。
植物受農藥藥害的癥狀為:①葉發生葉斑、穿孔、焦灼枯萎、黃化、失綠、褪綠、卷葉、厚葉、落葉、畸形等；②果實發生果斑、果瘢、褐果、落果、畸形等；③花發生花瓣枯焦、落花等；④植株發生矮化、畸形等；⑤根發生粗短肥大、缺少根毛、表面變厚發脆等；⑥種子發牙率低。
各種植物對各種農藥的敏感性是不同的。敏感的植物易受藥害。如核果類果樹（桃、李、杏、梅等）、豆類作物對砷制劑敏感；瓜類對DDT、六六六敏感；桃、李、梅、白果、大豆、小麥等對波爾多液敏感；黃瓜、番茄、蔥、豆類等對石硫合劑敏感；梅花對樂果敏感等。
間接影響 大量施用農藥會影響生態系統的平衡，影響植物的生長。例如農藥會使土壤中90％以上的蚯蚓死亡，勢必影響土壤的結構，對作物生長不利。有時農藥雖然殺死瞭某種害蟲，但由於同時殺死瞭它的天敵，反而使這種害蟲大量繁殖起來。又如果園裡施用農藥常常不僅消滅瞭害蟲及其天敵，同時消滅瞭傳授花粉的昆蟲，影響果樹的結實。
農藥殘留 施用農藥後，在植物體表面或體內殘存的農藥及其轉化產物，對植物本身不一定產生毒害，但能通過食物鏈濃縮，最終危害人類（見農藥殘留）。