子囊菌亞門

　　真菌門中最大的1亞門。本亞門與擔子菌亞門因結構複雜，合稱高等真菌。主要特徵是形成子囊，子囊中含一定數目的子囊孢子，子囊孢子在核配和減數分裂後以遊離細胞方式形成。水生或陸生。腐生在多種多樣的基物上或寄生在很多種的動植物上，也有許多子囊菌可與藻類共生形成地衣。

　　較早的分類很少考慮地衣子囊菌的特徵，而是依據非地衣子囊菌的子囊果性質、子囊特徵和排列方式，本亞門下分半子囊菌綱、不整囊菌綱、核菌綱、腔菌綱、蟲囊菌綱、盤菌綱6綱。

　　有的真菌分類學傢傾向於在亞門以下暫不分綱和亞綱，而直接分為目和科。例如O.埃裡克松在《1983年度子囊菌大綱》中，把子囊菌直接分為44目，226科；D.L.霍克斯沃思等人在《安思沃思-比斯比真菌詞曲》(1983)中，把子囊菌直接分為37目。

　　關於子囊菌的起源，占優勢的看法是來自紅藻，或來自接合菌。

　　在子囊菌亞門真菌中，有許多種類是重要的植物病原菌，也有的種類可以引起人和畜的深部疾病。同時，也有許多種類是食品、發酵、醫藥等工業用菌。