廣義細菌的1 目。為嚴格細胞內寄生並在寄主細胞內有獨特發育週期的革蘭氏染色陰性球形微生物。發育週期有原體和始體兩個階段。原體細小，呈圓形，直徑0.2～0.4微米，中心有緻密的類核結構，它在細胞外極穩定，具高度傳染性。始體為較大的圓形顆粒，直徑0.8～1.5微米，含核纖維和核蛋白組分，中心無緻密的類核結構，始體無傳染性，是衣原體在細胞內發育週期的繁殖型，成熟時分裂成大量原體。新形成的原體從受感染細胞內釋出，再感染其他細胞。衣原體寄生於脊椎動物，完成一次發育周周期約需40小時，可引起多種疾病，偶而在昆蟲中發現，能在雞胚卵黃囊中培養，對四環素敏感。
過去將衣原體歸為病毒，後發現衣原體具有 RNA和DNA兩種核酸，有由粘肽組成的細胞壁，以二分分裂法繁殖，胞漿中含有核蛋白體，有較復雜的酶系統，能進行一定的代謝活動，多種抗生素能抑制其生長繁殖。因其性狀與病毒不同，而與細菌較近，所以將其從病毒中獨立出來。
本目有1科1屬，即衣原體科，衣原體屬。