中國植物學傢。1898年2月15日生於江蘇省武進縣，1986年7月22日卒於北京。1919年在江蘇省第一甲種農業學校林科畢業。後就讀於金陵大學農學院林學系，獲理學士學位。歷任南京東南大學教師和南京中央研究院自然歷史博物館技師。。1929年赴丹麥哥本哈根大學植物博物館深造，在C.F.A.克裡斯滕森教授指導下研究蕨類植物分類學。翌年秋出席瞭在英國劍橋大學召開的第五屆國際植物學會議，並先後到英、瑞典、德、法、奧、捷等國的植物標本館作短期研究。1932年秋回國，任北平靜生生物調查所研究員兼標本室主任。1934年創建廬山森林植物園並任主任。抗日戰爭爆發後，他去雲南建立和領導瞭廬山植物園麗江工作站。抗戰勝利後，他先後任雲南農業改進所所長、雲南大學林學系及生物系教授兼主任及雲南省林業局副局長等職。1952年起，在雲南東南部領導勘察、建立瞭中國第一個橡膠林場。1955年任中國科學院植物研究所植物分類及地理研究室主任。30年代初，他在英國邱園和大英博物館研究蕨類植物，編寫出《中國蕨類植物志》初稿，包括11科6屬1200餘種，還拍攝瞭該館所藏全部中國植物的模式標本照片18300多張。在雲南工作期間做瞭多年野外考察，並對蕨類植物外部形態、內部結構及生態等方面進行瞭綜合研究，於1940年在中山大學植物研究所學報第五卷上發表瞭《水龍骨科的自然分類》一文，提出瞭一個比較自然的分類系統，把過去占全部蕨類植物種數90％以上和占屬數4/5的水龍骨科劃分為33科249屬，清晰地顯示出它們之間的演化關系，並獲得瞭荷印隆福氏生物學獎金。1954年，他發表瞭《中國蕨類植物科屬名詞及分類系統》一文，建立瞭第一個較完整的中國蕨類植物系統（見蕨類學）。1958年他參加瞭新疆綜合考察，發表瞭《新疆阿爾泰山植物區系、植物類型和植物資源》等論文，完成瞭《中國植被區劃》一書中的新蒙荒漠區部分。1959年中國植物志編委會成立，他被選為編委兼秘書長，率先出版瞭他主編的《中國植物志》第二卷（蕨類植物門）。隨後他編寫瞭《中國高等植物圖鑒》中的杜鵑花等科(1974)，翻譯出版瞭《植物學拉丁文》（1978～1980），編寫瞭《近代科學技術詞典》(1980)中的植物學部分。1978年在綜合研究瞭近代各分支學科成就的基礎上，修改和補充瞭他的蕨類植物系統，發表瞭《中國蕨類植物的科屬系統排列和歷史來源》一文。
秦仁昌一生發表論文150多篇，出版專著書籍12本，培養瞭許多林業和植物學人才。1955年他被選為中國科學院生物學部委員。曾當選為第一至三屆全國人民代表大會代表。1956年當選為中國植物學會理事，後為名譽理事長，並曾任《植物分類學報》主編，1978年任植物研究所的顧問。