19世紀中葉，洪秀全等在太平天國運動中，汲取基督教教義，融合其社會、政治理想而形成的一種特殊形態的基督教組織。
產生 洪秀全少讀儒書，1836年和1837年去廣州應試失敗，回鄉稱病40餘日後，稱得異夢升入天堂，見到上帝天父和耶穌天兄，並領得上帝所賜斬魔寶劍一把。他吟詩道：“手持三尺定山河，四海為傢共飲和，擒盡妖邪投地網，收殘奸宄落天羅。”1843年第三次應試落第，在煩亂苦悶中，同同中表弟兄李敬芳重讀梁發的基督教佈道書《勸世良言》。認為“內容奇極，大異於尋常中國經書”。後與同窗馮雲山等“潛心細讀”，從中汲取瞭不少思想資料，因而決心拋棄科舉仕進之念，對儒學也失去興趣與敬意。不久，毀棄孔子牌位，停閉學館，同馮雲山等組織拜上帝會。同時仿效梁發，自行編寫散發《原道教世歌》、《原道醒世訓》、《原道覺世訓》等佈道書，去廣西傳教。
1847年，洪秀全去廣州向美國傳教士羅孝全學習基督教教義，並在羅處讀到郭士立所譯《聖經》。羅因洪的見解與傳統基督教頗多不同，拒絕為他施洗。他再去廣西與馮雲山等會合，在紫荊山設立拜上帝會總機關，制定宗教儀式，並根據舊約所記十誡而制定《十款天條》（當時作為會規，起義後也用作軍紀條例）。
教義特點 拜上帝會雖從基督教汲取瞭教義形式和思想資料，但在很多方面與傳統基督教大相徑庭，並增添瞭不少從未見之於傳統基督教，甚至主旨與之相反的內容。隨著太平天國運動的發展，這一趨向越來越顯著。
拜上帝會與傳統基督教同樣敬奉上帝為天地萬物的獨一創造者和主宰，並認為他是全人類的天父；信仰耶穌基督是上帝的聖子和救贖世人的主；同時反對敬拜多神和為各種神靈制作偶像。傳統基督教認為耶穌是上帝的獨生子；而拜上帝會卻認為洪秀全是上帝的次子。起義後，洪更聲稱他在異夢中除見到“天父”、“天兄”外，還見到過“天母”、“天嫂”。晚期又稱天兄無子，而將自己的兒子“過繼”給天兄為嗣子。40年代末，當洪、馮暫離廣西，拜上帝會出現動蕩時，楊秀清、蕭朝貴曾分別自稱上帝和耶穌附體傳旨，借以穩定局面。事後，洪秀全便將傳旨內容列為新的教義，並肯定瞭這種做法；又稱楊秀清為“聖神風”（此詞原為馬禮遜在其所譯聖經中用以指聖靈者，但洪秀全則又不承認有聖靈的獨立存在）。拜上帝會從未接受傳統基督教關於三位一體的教義。因此，傳統基督教關於分具三個位格，卻又同體而為獨一上帝的神學觀念，在拜上帝會中已變為六口三代的“上帝傢庭”。
洪秀全和拜上帝會從《勸世良言》中，汲取瞭不少傳統基督教關於敬拜“神天上帝”方面的平等觀念，但不接受《勸世良言》中關於現世應該順從“君王及各大臣官員聖賢”，且不可行“反叛大逆”的主張。他們把宗教上的平等觀念擴大到政治和經濟制度上，把靈性上的平等擴大到現世生活中，提出男女平等，人人平等，各國平等的主張和“天下一傢、共享太平”的理想社會模式。
洪秀全和拜上帝會還汲取《勸世良言》中論天國的雙重涵義而用之。但不是將其歸作天堂和教會兩個方面，而是把天堂分為天上的“大天堂”和地上的“小天堂”。小天堂並不指教會，他們也並無教會的觀念和教會組織。拜上帝會在起義之前，隻是宣傳其主張和組織群眾的機構；建立天朝後，則和政權合為一體。他們沒有牧師制度，沒有特定的禮拜堂，一切教會和禮儀，皆由各級統領主持。後來，洪秀全雖然批準洪仁玕的建議，設立“牧司教導官”主管教務，但仍是政教一體的國傢體制中，專職分管宗教事務的官員而已。他們的小天堂，實際上是太平天國本身。首都稱天京，首腦在天直接就是天上的“皇上帝”，在地則是承受天命的上帝次子天王。洪秀全為其兒子所擬的“幼主詔旨”，開篇即冠以“奉天爺、天爹暨爹命”。天爺指上帝，天爹指耶穌，爹即指洪秀全；以示上帝傢庭在天上人間一脈相承的整個體系共同親政。太平天國後期，洪秀全將《啟示錄》中關於世界末日天國將降人世的說法加以發揮，稱太平天國就是從天降臨的“新天新地”；天京即新的耶路撒冷。
拜上帝會汲取並改造瞭《勸世良言》所反映的傳統基督教的魔鬼觀念。《勸世良言》所稱邪魔、蛇魔等，系指不具肉身之“邪靈”、“惡靈”而言。而拜上帝會則用以指稱清朝皇帝，呼為“閻羅妖”，稱清兵為“妖魔”。《勸世良言》提倡“愛仇敵”，洪仁玕進天京後，也曾向洪秀全進言“勿殺”。洪秀全批示道：“爺誡勿殺是誡人不好謀害妄殺，非謂天法之殺人也”；“爺今聖旨斬邪留正，殺妖殺有罪，不能免也”。
經典 拜上帝會對現世性和此岸性的重視，遠遠超過來世性和彼岸性。這同傳統基督教有顯著的不同。在對聖經的看法上，也表現得甚為明顯。洪秀全雖也十分尊重聖經，並稱之為“天書”、“遺詔”，但他常按自己的想法進行批解，而後名之謂《欽定舊前遺詔聖書批解》，列為太平天國官書之一。當他認為傳統基督教根據聖經而闡發的某些教義與自己見解不同時，不但另引經句加以批駁，有時索性宣稱“爺知新約有錯記”。洪秀全根據楊秀清自稱上帝附體傳旨的內容，規定太平軍高級官員可納多妻，但與《提多書》1章6節所定一夫一妻制不合。洪秀全便對這節經文作瞭批解：“今上帝聖旨，大員妻不止”。《啟示錄》6章末段本為描寫世界末日時，一切現存世界都將毀滅的情景。洪秀全則將其批解為全是對太平天國現世景象的預言，並認為預言已經應驗而成為事實：“朕是太陽、朕妻太陰，變黑如血是隱詔降世為人。天將天兵是天星墜地者，隱詔降世誅妖。天去如捲卷，且各山島移本處，是隱詔天地除舊換新，太平一統，輿圖換新。世上長憲，自匿窩穴山巖，是隱詔今時蛇獸伏誅，殘妖絕滅，今驗矣。”拜上帝會還認為太平天國天王的詔書，也是聖經的組成部分，與新舊約同等。建都天京後，洪秀全宣稱:“當今真道書者三，無他，《舊遺詔聖書》、《新遺詔聖書》、《真天命詔書》也。”太平天國後期，又在《欽定士階條例》中，將《新遺詔書》改稱《前遺詔書》，又稱《前約》；將《真天命詔書》改稱《天命真主詔旨書》，又稱《真約》。這樣，由舊約和新約兩部分組成的傳統基督教聖經，便被擴充而成為由新約和舊約、前約、真約三部分組成的拜上帝會聖經。
新舊遺詔書
禮儀 拜上帝會在禮儀上也頗多獨創。洪秀全請羅孝全施洗遭到拒絕後，便同李敬芳參照《勸世良言》中梁發自述受洗的情景，自行施洗。其後，拜上帝會對教徒行洗禮時，又吸收中國祭祖、拜神時的傳統禮儀，在神壇上安放明燈兩盞，清茶三杯，還寫一張“悔罪奏章”，上書各求洗者姓名，行禮時由各人高聲朗讀，讀畢焚化。主禮人問求洗者：“願不拜邪神否？願不行惡事否？原恪守天條否？”求洗者悔罪立願畢即下跪。主禮人從大盆清水中取水一杯，灌於受洗者頭頂，且灌且念：“洗除罪惡，去舊從新”。然後領洗者起立，飲下清茶，並以盆中水自洗胸口，表示洗凈內心。《天條書》中還規定：“在江河浸洗更妙。”受過洗禮者即可承領傳授各種祈禱文，以供早晚及進膳時應用。
拜上帝會成立初期尚不知有聖餐禮儀。太平天國後期，雖漸有類似儀式，但很簡單，多在每月第4個“禮拜日”分飲少許葡萄酒。太平天國所頒行的禮拜日，由於歷算錯誤，實際上是公歷的星期六。禮拜程序計有：唱詩、讀經、講道。講章寫成書面，講完後當場焚化。最後焚香並鳴放鞭炮。此外，還有婚喪或節慶時的祭祀禮儀，其方式類似中國祭祖拜神舊俗。
節日 拜上帝會不瞭解，因而也不守傳統基督教的受難節、復活節、聖誕節等節日禮儀。洪秀全在1859年下詔規定:正月十三為“太兄升天節”，二月初二為“報爺節”，二月二十一為“太兄暨朕登極節”，三月初三為“爺降節”（楊秀清自稱上帝附體傳旨日），七月二十七為“東王升天節”（楊秀清遇害日），九月初九為“哥降節”（蕭朝貴自稱耶穌附體傳旨日）。太平天國後期，雖有慶祝耶穌聖誕的活動，但除舉行禮拜和擺設盛筵外，無其他傳統基督教所行的風習，且非滿朝、全軍都慶祝聖誕節。
與西方傳教士的關系 拜上帝會雖對傳統基督教作瞭重大改變，但畢竟是從後者脫胎而來；而且是直接得自西方傳教士及其中國籍助手。因此，初期有不少傳教士對太平天國抱有幻想，指望太平軍將領在對華傳教和通商方面，采取寬容政策，並更好地“履行條約義務”。盡管當時英美當局尚不準許傳教士公開同太平軍接觸，但有些英美傳教士還是在報刊上和言談中為太平軍及其所信奉的基督教說些好話。太平軍也把傳教士看作是同信一位上帝和基督的“洋兄弟”。上海老北門浸會禮拜堂的美國傳教士晏瑪太，甚至還接待秘密去天京途經上海的馮雲山子侄二人，並聲稱可協助他們乘美國軍艦潛往（臨行前二人又被晏留下，終遭清軍捕殺）。
第二次鴉片戰爭結束前後，英美對太平天國的政策有瞭明顯的改變。一面繼續偽稱中立，一面“志願”組織洋槍隊，直接幹預。這時，英美當局不再禁止傳教士進入太平天國控制的地區，改而通過其宗教渠道，取得情報並施加影響，企圖改變太平天國的政策路線。自1860年8月英法聯軍入侵北京後，相繼有十餘名傳教士去蘇州、天京訪問。英國傳教士楊格非在記述這些傳教士的作為和目的時說：“在叛亂的事件上從來不給太平軍一絲一毫的臂助，或講一句鼓勵的話，傳教士在他們那裡無非是要搜集某些情報，教導他們更完備地瞭解真道，或勉勵他們放棄錯誤的見解，以及不合基督教道理的習俗。”1860年8月訪問天京的英國倫敦會傳教士霍姆士在其報告中，指責拜上帝會是“離經叛道的異端”而“根本不是基督教”。這個報告，後被英國作為公開參與鎮壓太平天國的根據之一。
對於傳教士們的指責，洪秀全等人沒有在原則上予以遷就。1861年3月訪問天京的英國傳教士艾約瑟寫瞭一篇《上帝有形為喻無形乃實論》，進呈天王。洪秀全則以自己在“異夢”中升天親見上帝之事批答。事後，艾約瑟在其《艾約瑟訪問天京簡記》中說，太平天國人員“看出他們自己與英美基督教徒的觀點大相懸殊”。而洪秀全的態度則是：“當英美傳教士對他提供意見要求修正他所頒佈過的主張時，他總是簡單地說，放下先前教會的慣例約束。不論在任何事人對他怎樣說明，他總是和顏悅色地，可是堅決地加以反駁。”對於英國當局，太平天國的態度就更明朗瞭。早在1854年，便發出瞭《東王楊秀清簽復英人三十一條並質問英人五十條誥諭》，誥諭除堅決駁斥英方的攻擊外，還責問自稱維護基督教的英方“是真心幫上帝、幫耶穌誅滅妖魔？……還是幫妖魔叛逆上帝、叛逆耶穌？”
但是，對這些分歧，洪秀全等人沒有從本質上加以認識，而隻是把它看作是同英美（包括傳教士和英美當局）在宗教或某些政策方面觀點上的差異。甚至在1858年中英《天津條約》簽訂後，英使額爾金為開放沿江通商口岸作準備，率兵船溯江西上路過天京時，洪秀全還稱其為“西洋番弟”，他的到來是“兄弟團圓”。太平軍占領南京後不久，洪秀全便致書羅孝全，歡迎他來南京傳教。當時羅因得美國公使指示，暫未成行。1860年10月，在美國政策改變的新情況下，羅前往天京，受到隆重禮遇。1862年2月，英法公開出面對太平天國進行武裝幹涉前夕，他謊稱幹王洪仁玕當著他的面“殘酷殺死”他的一個仆人，突然秘密乘英艦瑞納號出走，一個月後，報刊上披露瞭羅給美公使的報告，報告說明他是在知道外國軍隊對太平天國的武裝幹涉在即，並得到通知而出走的。可是，李秀成直到得悉外國軍隊打算協助清軍堅守上海時，還致書英、美、法公使，希望他們能同太平天國“推誠相與”以“不負耶穌之教，而傷中夏之和”。然而，太平軍雖信守不攻上海的諾言，美、英、法卻毫無信義地公開協助清兵大舉進攻太平軍。事實喚醒瞭李秀成等人，他們不再稱侵略軍為弟兄而呼之為“鬼兵”。洪仁玕在就義前也沉痛地說：“我朝禍害之源，即洋人助妖之事！”