日本管理公共事務的中央和地方行政體系。它是日本政治制度的重要組成部分。
沿革 日本的行政機構是由明治維新後在中央政府實行的太政官制（見日本政治制度）演變而來的。中央行政機構（內閣）根據天皇的敕令建立，國傢的最高行政權屬於天皇，而不屬於內閣。內閣下屬行政機構稱為“省”。20世紀30年代以來，為適應日本帝國主義對外擴張的需要，內閣下屬各省的行政機構有過若幹變動。第二次世界大大戰後，廢除瞭天皇集權制的敕令內閣，實行議會內閣制。日本行政機構根據國際協議的規定和國傢政治、經濟形勢發展的需要，進行過多次改革。1952～1953年確立瞭現行日本行政機構的雛型。
構成 日本行政機構由中央行政機構和地方行政機構組成。
中央行政機構 即內閣。內閣領導下的機構由內閣機構、總理府及其所屬機構和12個行政省組成。日本實行以天皇為象征的議會內閣制。根據《日本國憲法》規定：國傢的行政權屬於內閣。內閣是日本的最高行政機構，一切重要決策皆由內閣制定和執行。內閣由總理大臣及其他國務大臣組成，但所有內閣成員都必須是文職人員。內閣總理大臣也稱首相，是最高行政首腦，由國會提名經議員選舉產生，並經天皇任命。內閣其餘各國務大臣均由總理大臣任命，但其中1/2以上必須從議會議員中選任。戰後以來，歷屆內閣絕大部分成員是由在議會中占多數議席的政黨（執政黨）的議員組成，該黨的領袖（總裁）便成為當然的內閣總理大臣。
日本內閣機構圖（1988）
①內閣機構的主要任務是輔助總理大臣，協助內閣工作，承上啟下，審理有關提交內閣進行決策的事項。內閣機構包括：a.內閣官房，即政府辦公廳，是內閣執行行政事務的主要助手，主管內閣的日常事務，調查、搜集國內外情報，研究審議內外政策，為內閣決策提供根據。內閣官房長官由總理大臣任命，是內閣中掌握實權的人物。下設有參事官室、審議官和調查官室。b.內閣法制局，是內閣的法律顧問和咨詢機關，主要負責審查有關法律案、政令案、條約案，並向內閣申述意見，以及其他有關法制的事項。法制局長官雖然不是內閣成員，但可以出席內閣所有會議，發揮重要作用。c.人事院，是協助內閣管理人事行政的獨立性機構，負責主持國傢公務人員的考試、晉升、任免，決定其職別、薪俸等事項。人事官不受內閣更迭的影響，保護相對穩定性。人事院由人事官組成人事會議，下設事務總局，專管人事院的業務工作。d.安全保障會議，是內閣總理大臣在國傢安全方面的咨詢機構，實際上是日本國防的決策機構。其成員包括內閣總理大臣(擔任議長)、副總理大臣、外務大臣、大藏大臣、防衛廳長官、經濟企劃廳長官和國傢公安委員會委員長等。
② 總理府及其所屬機構。總理府由總理大臣親自擔任首長，是統一政府各部門政策的行政機關。除總理府本府外，另設有3個委員會和9個廳。總理府本府即總理大臣辦公室，主要負責有關撫恤、統計、榮典以及其他部門不管的事項。本府總務長官由總理大臣在國務大臣中任命，是總理大臣在本府的主要助手。3個委員會為：國傢公正交易委員會、國傢公安委員會、公害等調整委員會。9個廳的職責是：宮內廳，負責掌管皇室事務及天皇有關國事行為等事務；總務廳，1984年取代原行政管理廳，掌管行政管理和監察，負責綜合調整內閣各機關事務；防衛廳，處理有關防衛事務；經濟企劃廳，負責制定經濟方針和計劃，掌管綜合調整基本政策等事務；科學技術廳，負責掌管國傢科學技術研究；環境廳，負責防治公害，加強環境保護；國土廳，負責國土的整治、開發、利用與整理；北海道開發廳，負責加強北海道地區特別開發；沖繩開發廳，負責加強沖繩地區特別開發。總理府下屬機構均在總理大臣的直接領導下，依法設置內部機構，職責明確，專門掌握一個方面的工作。廳的長官多為內閣成員，由總理大臣親自委任。廳下設局、課（室）等機構，擁有眾多的工作人員，實際上起著相當於內閣行政省的作用。
③ 中央12個行政省。它們是中央行政機構的主體。各行政省都設有大臣、政務次官、事務次官和大臣秘書官等職位。各省均設大臣官房和若幹局。12個省的職責是：外務省，主管國傢一切外交事務，下設9個局；大藏省，主管國傢財政、金融、稅收，下設7個局和直屬1個廳；通商產業省，主管工商企業、振興國內外貿易、管理外匯和負責度量衡管理事務，下設7個局和直屬3個廳；法務省，執行國傢有關司法行政事務，下設7個局和直屬1個廳、2個委員會；農林水產省，主管有關改良和發展農業、林業、畜牧、水產業，以及增進農村、漁村的“福利”事業，下設5個局和直屬3個廳；郵政省，主管有關郵政、儲蓄、匯兌、保險、電氣通信等國營事業，下設6個局；文部省，主管文化、教育、科學技術行政事務，下設6個局和直屬1個廳；厚生省，主管增進和提高社會福利、社會保障、以及公共衛生有關事務，下設9個局和直屬1個廳；建設省，主管有關土木、建築等綜合行政事務，下設5個局；運輸省，主管國內外陸、海、空運輸事務，下設7個局和直屬3個廳、1個委員會；勞動省，主管工會組織、調整勞資關系，規定勞動標準等有關勞動事務，下設5個局和直屬2個委員會；自治省，主管地方自治事務，下設3個局。上述行政省內部機構一般分省、局、課三個層次，個別行政省在局與課之間加設部一層。行政省內部機構一般設置：內部部局；外局，即直屬機構，通常稱為廳；附屬機構，如研究所、技術院校；咨詢機構，如審議會，審查會；地方分支機構。各行政省、廳隻設長官、政務次官、事務次官各1人，隻有大藏省、通商產業省和農林水產省設政務次官2人。各委員會設委員長和委員5～7人，不設副職。
地方行政機構 日本地方政府采取地方自治形式，統稱為地方自治體。日本地方行政機構，有一都（東京都）、一道（北海道）、二府（大阪府、京都府）、43個縣。它們的辦事機構稱為廳，行政首長稱為知事。每個都、道、府、縣下設若幹市、町、村。市的辦事機構稱役所，町、村的辦事機構稱役場(公所)，行政首長稱市長、町長、村長。
特點 主要有：①適應國傢經濟形勢發展的需要，政府廣泛幹預經濟事務，具有經濟職能的行政機構增多，但同時註意機構精幹，充分發揮機構職能的作用。②實現瞭行政機構的制度化、法律化。遵循新憲法原則制定的《內閣法》、《國傢行政組織法》和各省廳《設置法》等一系列行政組織法規，明確規定日本行政機構的設置和職責權限。政府各部門人數由法律限定，機構編制每年核定一次。各部門官員人數也由法律規定。③防衛廳實行文官制，由文職人員控制軍事首腦機關，與戰前迥然不同。④存在機構膨脹、開支過大的現象，加重瞭財政負擔。日本的內閣不斷提出通過行政改革，對國傢行政機構和規模實行“縮減型整編”，強調“簡便化”、“合理化”、“效率化”。⑤日本的地方政府具有雙重性，既是地方行政機構，又是中央政府的機構。