中世紀天主教會設置的裁判和迫害異端的特殊法庭。亦譯宗教裁判所、宗教法庭。詞源自拉丁文inquiro(追究、調查)。在基督教形成初期，教會對所謂異端的懲罰一般隻限於精神上，最重的處罰就是革除教籍。4世紀末基督教成為羅馬國教後，帝國制訂瞭有關懲罰異端的法律條文，包括沒收財產、放逐、剝奪公民權等。中世紀早期，對如何審判和處罰異端尚無定規。神聖羅馬帝國曾以死刑恫嚇摩尼教教徒，以後在鎮壓阿爾比派時也用過死刑，對異端處以死刑的規定為法律所認可。1197年阿拉岡國王彼得得二世曾下令將異端教徒燒死。
12世紀，法國北部的韋爾多派和法國南部、意大利北部的阿爾比派影響甚大。教皇英諾森三世提出，異端乃叛逆上帝，罪比背叛國王還大。1209年，他糾合法國封建貴族，發動討伐阿爾比派的十字軍，經過20年的殘酷鎮壓，阿爾比等教派終於被消滅。1229年土魯斯會議正式決定成立異端裁判所。神聖羅馬帝國皇帝腓特烈二世為限制教皇的權限，於1232年授權帝國官員消滅異端。次年教皇格列高利九世發佈通諭強調隻有教會才有解釋教會法規和審判異端的權力，同時指定多明我會會士擔任異端裁判所的裁判官，直接向教皇負責。1259年正式規定，除教皇外，裁判官不受任何教會控制，並有權解釋國傢和教會的法規。當時，異端裁判所尚無常設首腦機構。1252年教皇英諾森四世通諭允許在審判過程中使用刑罰。雖然當時對刑罰有一些限制規定，但實際上完全取決於裁判官個人意願。
異端裁判所（油畫）馬尼亞斯科作
裁判官在某一地區執行任務時，一般先發佈公告，規定寬限時間（通常為一個月），被告（包括被指控或被懷疑為異端的人）在此期限內如自動認罪，可獲寬宥或僅被處以輕罰，如朗誦禱文、禁食、施舍、鞭笞、朝聖等。對被認為較嚴重的異端則施以佩戴黃色十字架、監禁、沒收財產等處罰。裁判官所能判處的最重刑罰是終身監禁。被告不肯悔改，或悔改後又重犯，則往往移交世俗當局處以極刑。由於不公開審理案件，對原告姓名實行保密，被告受到嚴刑拷問，被定罪者財產沒收，甚至處死。因此，異端裁判所成瞭令人生畏的恐怖機構。由於沒收財產可中飽某些官吏的私囊，使得這類迫害有增無已。
異端裁判所也曾被天主教會用以對付宗教改革傢。1415年康斯坦茨公會議將威克裡夫定罪焚屍，胡斯及其門人也被判處火刑。16世紀以後不少進步科學傢、思想傢如佈魯諾、伽利略等，因其科學發現與教會傳統觀念相抵觸，也受到異端裁判所的殘酷迫害。
西班牙的異端裁判所尤以殘酷著稱。15世紀下半葉斐迪南二世與伊莎貝拉一世聯姻後，統一瞭西班牙。為瞭制止已改宗天主教的猶太人和穆斯林叛教，他們呈請教皇西克斯四世批準，於1480年成立異端裁判所。西班牙異端裁判所的組織體制高度集中，與世俗當局有密切聯系，可以自行指派裁判官（多由多明我會士擔任。）1483年經教皇批準，設立大裁判官，下設14個地方法庭。在南美殖民地，也設裁判所。1522年西班牙將異端裁判所引進荷蘭，企圖借此鎮壓新教徒，未達目的。據稱先後被西班牙異端裁判所以火刑處死的約2000餘人（一說10餘萬人）。該裁判所到1834年始被撤銷。
宗教改革後，教皇保羅三世於1542年建立由6名樞機主教組成的異端裁判部。該部後成為教廷的常設機構。17世紀以後，異端裁判所隨教皇權勢下降而趨衰落，至19世紀末，已不存在形式完整的異端裁判所。1908年，教皇庇護十世重整教廷，將異端裁判部改稱為聖職部，負純化信仰的職責。1965年教皇保羅六世再易其名為信理部。