日本京都北朝同吉野南朝對峙的時代。始於足利尊氏自北九洲進入京都擁立光明天皇、後醍醐天皇由京都南逃在吉野建立朝廷的1336年，終於兩朝合併的1392年。也有史書把上限斷在鐮倉幕府滅亡的1333年。兩朝各有年號，在自己轄區內使用。北朝實權掌握在足利手中，1336年足利尊氏開創室町幕府，制定《建武式目》。1338年自任征夷大將軍，不斷發動對南朝的進攻。南朝建立不久，軍事支柱北畠顯傢、新田義貞等相繼戰死，後醍醐天皇病死，勢力衰退。但由於幕府統治集團內部傾軋激烈，南南北朝對峙的局面仍得以維持。在這一時期，各地守護日益發展，成為封建割據的守護大名(領主)，對抗幕府，而幕府的內爭又常常與南北朝之爭有關，從而使南北朝的爭鬥復雜化。尊氏之孫足利義滿統治之時，幕府統治趨於穩定。1392年經足利義滿提議，兩朝以南朝後龜山天皇讓位給北朝後小松天皇的形式實現合並。此後皇位由北朝子孫繼承。
南北朝時代商品經濟發達，莊園自給經濟加速解體，莊園內部農民自主性高漲，農村自治體出現，農民減租抗暴運動興起。幕府推行的一系列土地政策使各守護日益蠶食並掌握其轄區的莊園。因此這個時代是日本封建社會從莊園制度向領國制度過渡的重要階段，同時，貴族封建主階級走向沒落，武士封建主階級勢力則進一步擴張。
南北朝時代維持近60年，其間兩個皇統何為正統的問題，日本歷史上向有爭論，即所謂“南北朝正閏論”。明治年間這一爭論被當作重大政治問題對待。1911年明治政府根據天皇敕裁，決定南朝為正統，足利尊氏為逆賊，並以此修改歷史教科書，但有些學者一直否認正閏說。