亞洲中部高大山脈之一。大部分在阿富汗境內。由數條東北—西南走向的褶皺山脈組成，東起帕米爾高原南緣，向西南經巴基斯坦延伸至阿富汗的赫拉特市附近。長約1200多公裡，寬約50～350公裡。平均海拔4000～5000米。山勢雄偉，有“阿富汗的脊樑”之稱。最高峰蒂裏奇米爾峰，海拔7690米（在巴基斯坦境內）。
地質構造上屬於阿爾卑斯—喜馬拉雅造山帶，是中生代末至第三紀造山運動的產物，具有複背斜地壘山地構造。由於新構造運動持續至今今，地震活動非常強烈。在地貌上，東部興都庫什山脈高大雄偉，平均海拔超過5500米。雪線在4500～5000米之間，發育著巨大的現代山地冰川。不少山峰超過6000米，山隘海拔3500～5500米。西部興都庫什山脈逐漸降低，至白山（帕魯帕米蘇斯山脈）西部降低到800米。
氣候具有垂直分佈的特點。氣溫隨高度增加而降低。在海拔1750米的喀佈爾區，7月平均氣溫24℃，但在4000米高處則為10℃，4000米以上溫度更低。冬季不結冰的日數也隨高度的增加而減少，如海拔2500～4000米的地區是100天，4000米以上隻有50天或者更少。山地的高度尤其是坡向的不同，對於降水量有顯著的影響。山脈北坡和西北坡處於西來氣流的迎風側，年降水量為400～800毫米，南坡和西南坡則為300毫米，東興都庫什山間谷地隻有50毫米。惟山脈東南坡因受夏季季風的影響，年降水量達1000毫米，屬於半濕潤的亞熱帶氣候。冬季山中還時有暴風雪。在海拔2500～3000米的地帶，特別是山間凹地，積雪很厚，積雪期可長達6～9個月。高山帶極為寒冷，現代冰川發育，夏季冰川融化和春季積雪消融，都為發源於此的河流提供水源，並形成春夏洪水。
興都庫什山脈是印度河與阿姆河的分水嶺，也是一條重要的氣候和景觀界線。因受山脈的阻擋，印度洋暖濕氣流不能北上，兩側形成瞭不同的氣候和植被類型。自然景觀為垂直地帶性結構，並亦因坡向不同而有很大差異。在比較濕潤的東南坡，生長著西部喜馬拉雅山植物。山麓長有灌叢的幹旱落葉林；上至海拔2500米為常綠橡樹林；3000米左右，為針葉林（ 喜馬拉雅松、柏、銀松、雲杉、雪松等），林下灌木有山楂、山躑躅和金銀花；3700米左右是亞高山草甸，並長有匍匐檜、杜鵑等；4000～4500米為高山草甸；再上即為永久積雪冰川帶。在山谷肥沃的斜坡上生長著杏、桃、葡萄、蘋果、梨、柿子、檸檬、橘子等果樹，海拔660米的賈拉勒阿巴德即以果園聞名。山脈的北坡由於受不到夏季季風的影響，山麓帶主要是蒿草草原，有的地方生長黃連木；山腰帶為山地灌木草原；再上則為稀疏的寒漠植被。山脈中多野羊、熊、雪豹和山火雞。礦藏有金、銅、鉛、石油等。
山地不少山口，如陶拉山口（4500米）、哈瓦克山口（3500米）和西巴爾山口(2987米)等都是重要的交通隘道。居民主要分佈在少數河谷內，夏季在接近雪線的高山牧場放牧羊群，春、秋季節畜群移到山腳放牧。但因積雪冰川融化，有時暴發山洪，形成泥石流災害。冬季氣候嚴寒，常有暴風雪，山路和山口常被雪封住。