各級教育行政部門對所屬學校和各級學校對本校體育衛生工作系統的教學業務及人、財、物、事等進行的組織和管理工作。它既是整個學校管理的組成部分，又是體育衛生管理的組成部分。中華人民共和國的學校體育衛生管理工作是全面貫徹中國共產黨的教育方針、保證學校體育衛生工作品質、增強學生的體質並促進其身心正常發展的一個重要方面。
在中國，學校體育衛生管理始自20世紀初。1904年清政府頒佈的《奏定學堂章程》中規定各級各類學堂設體操課，並提出出瞭對學校衛生的要求。1912～1913年中華民國政府頒佈的壬子癸醜學制及中小學課程標準中規定體操為必修課。1922年頒佈的壬戌學制和次年公佈的《新學制課程標準》中改設體育課。1929年中華民國政府教育部公佈《國民體育法》。1936年編寫瞭中國近代第一套較完整的中小學體育教科書《體育教授細目》。1940年公佈《各級學校體育實施方案》，作為學校體育衛生管理的依據。但是這些規定多未真正實施。1927～1949年在中國共產黨領導下的革命根據地，體育運動在鬥爭中得到發展，學校體育衛生管理工作也有相應的發展，但在戰爭環境的艱苦歲月裡，體育運動的經常性和普及性受到限制，管理工作尚不成熟。中華人民共和國成立後，中國共產黨和人民政府重視體育衛生工作，建立瞭各級體育衛生工作的領導機構，制定各項有關方針政策，把體育作為學校教育的必要組成部分，在各級學校的教學計劃中列為必修課。早在50年代即頒佈實施《勞動與衛國體育制度》，編制瞭少年兒童體操，建立體育師資培訓體系，並為學校開展體育衛生工作提供瞭必要的物質條件。自1961年以來，擬定和頒行瞭大、中、小學暫行工作條件（草案），隨後又根據上述工作條例相繼制定和頒發瞭大、中、小學體育和衛生工作的暫行規定、《體育教學大綱》和教材、《國傢體育鍛煉標準》、體育教師《教學常規(草案)》、體育課《課堂常規(草案）》等。這些文件都明確規定瞭對學校體育衛生工作的要求，強調指出瞭學校體育衛生工作的重要性，為學校體育衛生管理工作提供瞭依據，為學校體育衛生管理工作的規范化、經常化、科學化奠定瞭良好基礎。
在中國，學校體育衛生管理的主要目的：在於保證全面貫徹中國共產黨的教育方針，提高學校體育衛生工作質量，增強學生體質，促使學生身心健全發展，有效地完成學校體育衛生的目的和任務。
在中國，體育衛生管理的主要任務是：以中國共產黨和國傢有關教育、體育、衛生的各項方針、政策、法令、規定為依據，科學地組織和調動體育衛生人員的積極性、主動性；充分發揮體育衛生經費和設備的效用，創造必要的物質條件；有目的有計劃地開展體育衛生活動，不斷提高體育衛生工作質量。
中國在學校體育工作管理中，堅持面向全體學生，以增強體質為主，以普及為主，以經常鍛煉為主和預防保健為主的原則。具體管理工作包括：①加強思想教育工作。②計劃管理。制訂學期（或學年）計劃。③組織管理。建立和健全管理體制，設專職領導負責，建立高等學校的體育運動委員會、愛國衛生運動委員會，以及體育教研室（組）和衛生室（組）等專門機構和指導系統。充分發揮共青團、少先隊、學生會的組織作用及班主任、教師在班級體育衛生工作中的積極作用。④建立體育衛生人員隊伍。根據國傢有關規定對體育、衛生工作人員進行定期考核、評定、晉升。⑤學校體育衛生經費、設施、器材、藥品的管理。⑥對體育教學、課外體育活動、校外體育活動的管理。⑦運動隊訓練和體育競賽管理。⑧對學生體質、健康的管理。⑨制定並實施有關規章制度。⑩指導、檢查、評定與總結。等等。