19世紀50～70年代，雲南地區回族人民在太平天國起義影響下舉行的大規模反清起義。鹹豐六年(1856)，在清朝地方官挑撥下，回、漢人民為爭奪南安（今雙柏）石羊銀礦而發生衝突，遂即轉化為起義。之後，雲南各地回民相繼揭起義旗：馬金保、蘭平貴起於姚州（今姚安）；杜文秀起於蒙化（今巍山）；馬複初起於新興州（今玉溪）；馬如龍起於建水；徐元吉起於澄江；馬淩漢、楊振鵬起於昆陽（今晉寧）；馬聯升起於曲靖；馬榮起於尋甸。這些起義隊伍不久即匯成兩支強大的勢力。一支以
雲南回民起義所建政權頒行的《職官錄》
活動於雲南東部、南部的起義軍，兵馬眾多，聲勢很大，但起義軍領導者馬復初、馬如龍皆為回族上層分子，沒有反清到底的決心。咸豐七年至十一年間，三次圍攻省城昆明，時戰時和，一直未能攻克，最後投降。
杜文秀領導的西部起義軍，自蒙化起義後一直堅持抗清，得到各族人民支持與響應。起義軍攻克大理後，杜文秀被推為總統兵馬大元帥，宣佈遙奉太平天國號令，聯合漢、彝、白等民族建立政權。大理政權在軍事上不斷打擊清軍，在政治上和經濟上推行一系列加強政治統治與發展社會生產的措施，深受滇西各族人民擁護與支持。同治六年(1867)，起義軍20餘萬兵分四路，東下圍攻昆明，起義勢力發展到頂點。八年，在清軍猛烈反攻下，圍城戰役失敗，此後局勢急轉直下。十二年，清軍兵臨大理城下，起義領袖杜文秀服毒後出城與清軍議和，被清軍殺害。清軍統帥岑毓英背棄議和諾言，縱兵血洗大理城。至此，堅持18年的雲南回民起義宣告失敗。