決定蛋白質中氨基酸順序的核苷酸序列，由三個連續的核苷酸組成的密碼子所構成。由於遺傳密碼是在信使核糖核酸(mRNA)上讀出的，所以用RNA中4種堿基(U、C、A和G)來表示（見表）。生物化學傢M.W.尼倫伯格和H.G.霍拉納分別通過使用合成的多聚核苷酸作為mRNA來指導蛋白質翻譯的體外實驗系統，於1966年闡明瞭64個三聯密碼子的意義。61個密碼子為18種氨基酸和2種醯胺編碼，其中甲硫氨酸的密碼子又是蛋白質質合成的起始密碼子，此外3個是蛋白質合成的終止密碼子。除甲硫氨酸和色氨酸外，其餘氨基酸都有1個以上密碼子，同義密碼子通常僅在第三位堿基上變化，這種堿基簡並性使基因發生突變產生影響的可能性降低到最小。蛋白質翻譯時解讀mRNA是連續的，密碼子之間無逗號，不重疊，即相鄰密碼子間沒有空格，也不會共用任何核苷酸。在轉移核糖核酸(tRNA)分子中有與密碼子配對的反密碼子，每種tRNA攜帶特異的氨基酸，在密碼子的解讀中起重要作用。從細菌到高等生物，遺傳密碼具有普遍的統一性。但是，在一些纖毛蟲和線粒體中發現存在起始密碼子和終止密碼子的變異，這是分子進化研究中一個令人感興趣的問題。
遺傳密碼表