含有活的微生物，能改善作物營養，具有特定的肥料效應的製品。又稱微生物肥料、接種劑。
微生物製劑按產品中特定的微生物種類和作用機理，可分為根瘤菌劑、固氮菌劑、解磷菌劑、矽酸鹽菌劑和含有一種以上特定微生物的複合菌劑。其中根瘤菌劑應用較多，它是由能能與豆科植物共生並形成根瘤的根瘤菌制成。在與豆科植物共生的條件下，根瘤菌的固氮酶可將大氣中的遊離態氮還原轉化為氨，供豆科植物利用。根瘤菌有專一性，即某種根瘤菌隻能與某種豆科植物共生才能固氮。據此，根瘤菌劑又可分為大豆根瘤菌劑、花生根瘤菌劑、紫雲英根瘤菌劑和苜蓿根瘤菌劑等。微生物制劑有液體和固體兩種形態。
微生物制劑靠活菌起作用，其效果與使用條件有密切關系。當其施入土壤後，其中菌體的存活率和活性的大小受土壤生態因子（土壤微生物狀況、土壤水分狀況、土壤有機質含量和pH）以及菌劑自身質量的影響。因此，施用微生物制劑時應與其他農業措施密切配合並隨制隨用。不能與殺菌劑（有的也不能與化肥）混用，不能長期暴露在陽光下，並且有一定的儲存期限。施用方法包括拌種、浸種、蘸根或與基肥混合施用等。