含植物需要量甚微的必需營養元素的肥料。此類營養元素包括硼、鉬、鋅、錳、銅、鐵和氯等，各有專門的生理功能，為其他營養元素所不可替代。經常需要施用的微量元素肥料主要是硼肥、鉬肥、鋅肥、錳肥、銅肥和鐵肥。
土壤是植物必需微量營養元素的主要給源。在由近90種元素組成的土壤礦物質中，約有80種元素的含量在0.1％以下，稱為土壤微量元素或痕量元素，其中包括硼、鉬、鋅、錳、銅、鐵等。鐵就植物而言屬於微量營養元素，但在土壤中則屬常量元素素。土壤微量元素含量因母質、土壤類型和氣候而異。土壤中的微量元素含量不能滿足植物需要時，應施用微量元素肥料。
硼肥 含硼標明量的肥料。常用的品種是硼砂和硼酸。植物各生長階段都需要硼，生長初期和開花結實期需要尤多。硼能促進生長點和根系的發育，增強光合作用，加速糖分向子實或儲存器官運送。各種植物對缺硼的敏感程度不同。十字花科、豆科和根用植物需硼較多，禾本科需要量則較少。硼對防治甘藍型油菜的花而不實現象有明顯效果。硼肥以用於浸種和葉面噴施為主。
鉬肥 含鉬標明量的肥料。常用的品種為鉬酸銨和鉬酸鈉。鉬是硝酸還原酶和固氮酶的成分，為植物體內氮素代謝所必不可少。植物缺鉬則蛋白質合成受阻。豆科植物如大豆、花生、紫雲英和某些十字花科植物如花椰菜等需鉬量較多。對豆科綠肥作物施用鉬肥可提高鮮草的產量和氮、磷的含量。鉬肥通常以浸種或葉面噴施的方式施用。
鋅肥 含鋅標明量的肥料。常用的品種是硫酸梓、氧化鋅和氯化鋅。鋅與植物體內許多酶系統的活性有關，生長素的合成也需鋅。植物缺鋅則植株矮小，節間縮短，葉綠素含量減少，葉色變淡。通常pH高於6.5的土壤易於缺鋅。鋅肥多用於玉米、水稻和果樹。主要以浸種、葉面噴施、沾根方式施用，也可直接施入土壤。
錳肥 含錳標明量的肥料。常用的品種是硫酸錳和氯化錳。錳在植物體內參與光合作用以及氮、磷的代謝和許多酶系統的活動。對缺錳敏感的植物較多，其中包括主要的糧食、油料、棉花、糖料作物和果樹、蔬菜等。土壤的pH較高、質地較粗、通氣良好時，錳就以植物不能利用的高價錳離子存在。錳肥用於浸種或葉面噴施的效果高於直接施入土壤，因可避免低價錳在土壤中迅速轉變為高價錳而成為植物不能利用的狀態。
銅肥 含銅標明量的肥料。常用的品種是硫酸銅。銅是植物體內多酚氧化酶和吲哚乙酸氧化酶的組成成分，還參與蛋白質和糖類的代謝。缺銅的土壤主要是有機質含量高的土壤，如沼澤土、泥炭土等。
鐵肥 含鐵標明量的肥料。常用的品種是硫酸亞鐵和螯合態鐵（如FeEDTA)。鐵是植物體內鐵氧還蛋白的重要組成成分，在光合作用中起電子傳遞作用，植物缺鐵時光合作用受影響。鐵又是細胞色素的組成成分，缺鐵還會使呼吸作用受抑制，影響ATP（腺苷三磷酸）的形成。此外，鐵也是許多氧化酶（如細胞色素氧化酶、過氧化氫酶、過氧化物酶）的組成成分，對植物體內各種氧化、還原過程起催化作用。