依據人群疾病和健康水準與地理環境關係的地域分異，進行醫學地理區域單元的劃分。即按一定的區劃原則把某一地區劃分成若幹具有相似自然－人文地理條件和健康效應的醫學地理區。為制定醫學保健規劃，控制和預防疾病、增進健康提供科學依據和對策。醫學地理區劃以自然區劃為基礎，以人群疾病、健康水準為依據，同時考慮社會經濟，醫療衛生條件等因素建立醫學地理區劃體系。醫學地理區劃，一般採用綜合和主導因素相結合的原則，根據主導因素找出生態環境類型組合中的共軛性，再從其組成生態環境類型型的分佈范圍，考慮各種指標而確定區域界限。醫學地理區劃根據實際需要和具體情況可進行多級劃分。第一級區劃單元主要依據疾病、健康水平的分佈類型及與疾病有關的主導自然環境因素劃分。第二級區劃單元在第一級區劃單元之下，依據病情程度及自然－社會環境因素的區域內部分異劃分。第三級區劃單元在第二級區劃單元之下，依據更詳細的病情、環境指標和防治對策進行劃界。
醫學地理區劃研究在蘇聯比較活躍。中國在地方病環境病因研究中已開始進行研究。