第一塊蹄兔類化石是在19世紀中葉發現的。自此以後，化石逐漸增多，至今已建立瞭16屬。早期蹄兔類具有完全的齒式，即I33、C11、P4>+、M33；最後一個臼齒不退化。許多化石蹄兔比現生種大的多，如Titanohyrax、Pliohyrax和Postschizotherium等，其大小與現代馬相近。蹄兔類在早第三紀已相當分化，在撒哈拉的始新世和埃及早漸新世地層中，它們在各類哺乳類化石中占很大比重，尤其在埃及早漸新世動物群中，屬種繁多。新第三紀蹄兔類分佈相當廣泛，除非洲外，在希臘、法國南部、蘇聯的格魯吉亞和中國北部都有發現，但種類相當貧乏。在更新世，其分佈區域與現生種相近，但在中國華北地區的早更新世地層中仍有發現。