藻類植物的1門。除少數裸型種類外，都有厚的主要是纖維素組成的細胞壁稱為殼。光合色素為葉綠素 a和c，β-胡蘿蔔素，葉黃素類為矽甲藻素(diadinoxanthin)、甲藻黃素(dinoxanthin)、新葉黃素(neoxanthin)及甲藻所特有的多甲藻素（peridinin）。全世界約有130屬，1000多種。多數為海產種類，少數產於淡水及半咸水水體中。中國常見的淡水種類有4個屬15種，罕為共生或寄生性；溫暖水域中的比寒冷水體中的多；海產種類的形態變化較較大。
植物體除少數為絲狀或球狀類型外，絕大多數為具鞭毛的單細胞遊動種類。縱裂甲藻綱的細胞壁由2片組成，橫裂甲藻綱由橫溝或稱腰帶把細胞分成上、下兩部分，上部的稱為上錐部（具板片的種類或稱上殼），下部的稱為下錐部（具板片的種類或稱下殼）。殼體或為整塊，但多數系由若幹多角形的板片組成，板片的數目和排列方式是分類的主要依據；在細胞腹面具與橫溝垂直而向後端延伸的縱溝。鞭毛2條，頂生或從橫溝與縱溝相交處各自的鞭毛孔伸出；橫鞭毛帶狀，環繞在橫溝內，縱鞭毛線狀，沿縱溝向後伸出。色素體依種類而異，呈黃綠、黃褐色。罕為藍色，少數種類無色素體。常具蛋白核；貯藏物質為淀粉，也可產生油滴。眼點有或無。細胞核呈圓形、橢圓形或馬蹄形等。染色體在細胞分裂期間呈串珠狀、密集，在整個有絲分裂過程中核膜不消失，不形成紡錘體，無著絲點。細胞分裂是普遍的繁殖方法，有時也產生動孢子、不動孢子或休眠孢子。有性生殖罕見。本門大部分種類可作魚類及水生動物的餌料。浮遊種類中，特別是海產的，是水生生物食物鏈中的原初生產者之一；有些種類如多甲藻目中的膝溝藻在過量繁殖時形成“赤潮”，使水呈紅色、淡紅褐色並發出腥臭味，使水的溶氧量降低，並且分泌毒素──石房蛤毒素及其衍生物，能使其他水生生物死亡，對水產造成危害。
依照帕克和狄克遜(1976)，道奇(1982，1986)和洛佈利奇(1976)的研究，甲藻門分為2綱：甲藻綱(Dinophyce-ae)和寄生的共甲藻綱(Syndinophyceae)；10目：原甲藻目(Prorocentrales)，鰭藻目(Dinophysiales)，裸甲藻目(Czymnodiniales)，夜光藻目(Noctilucales)，冠甲藻目(Lophodiniales)，多甲藻目(Peridiniales)，鈣甲藻目(Theracosphaerales)，囊溝藻目(Blastodiniales)，植甲藻目(Phytodinales)，絲甲藻目(Dinotrichales)，變甲藻目(Dinamoebidales)，膠甲藻目(Gloeodiniales)，共甲藻目(Syndiniales)。