中國研究與保護敦煌石窟的專門機構。其前身為敦煌藝術研究所、敦煌文物研究所。
40年代初，國內學者、美術傢向達、張大千、王子雲等曾呼籲保護和研究敦煌石窟寶藏。1942年，於右任視察敦煌，建議成立專門機構，翌年國民政府教育部委派高一涵、常書鴻等進行籌備，1944年初正式成立國立敦煌藝術研究所，直屬教育部，以常書鴻為所長，所內設考古、總務兩組。研究人員有董希文、李浴、史巖、潘潔茲等10餘人。他們在極艱苦的條件下進行保護、臨摹、、測繪、資料記錄、內容考察等工作，出版瞭《敦煌石室畫像題識》一書。40年代後期，壁畫臨本曾在南京、上海等地展出，向國內觀眾宣傳介紹敦煌藝術。抗日戰爭結束後，第1批研究人員大多離開敦煌，但隨即又有段文傑、史葦湘等第2批志願獻身於敦煌研究的青年畫傢和研究工作者來到，繼續從事保護與臨摹工作。中華人民共和國建立後，敦煌藝術研究所改名敦煌文物研究所，直屬文化部，常書鴻繼續任所長。這一時期，專業人員增加到30多人，所內分設瞭保護、考古、美術、資料、攝影等室。對長達875米巖面上的400多個洞窟進行瞭加固，對病害嚴重的壁畫和塑像進行瞭搶救性保護。其間臨摹壁畫1014幅，臨摹彩塑30餘身。這批臨摹作品有很高的質量，曾先後在北京、上海、天津、蘭州以及印度、緬甸、波蘭、捷克斯洛伐克、日本展出。出版有《敦煌壁畫》、《敦煌彩塑》、《敦煌唐代圖案》、《敦煌壁畫臨本選集》和《敦煌藝術小畫庫》叢書等。
“文化大革命”10年中，除瞭保護之外，其他業務研究全部停頓。1980年恢復正常工作。1982年由段文傑任所長，增設瞭遺書、接待、編輯等業務室。1985年，完成南區23個洞窟的加固工程，1986年，完成西千佛洞19個洞窟的加固工程。其間以結晶碳酸鈉溶液清洗煙熏壁畫試驗成功，並以科學方法修復壁畫，寫出7篇有關保護科學的論文，對敦煌學的研究，包括石窟考古和石窟藝術兩大方面作出瞭一定貢獻。80年代以來，研究所編撰出版瞭《敦煌莫高窟》(5卷本，中國、日本合出)、《敦煌彩塑》、《敦煌研究文集》、《敦煌莫高窟內容總錄》、《敦煌藝術寶藏》等專著。創辦瞭《敦煌研究》學報，舉辦瞭第一次全國性敦煌學術討論會和首屆國際敦煌研究學術討論會，還出版敦煌學論文4卷，並在法國、日本舉辦瞭多次敦煌藝術展覽。
1984年，敦煌文物研究所擴大為敦煌研究院，並分別在敦煌、蘭州兩地建新院址，由段文傑任院長，常書鴻為名譽院長。下設石窟保護、石窟考古、石窟美術、遺書、音樂舞蹈5個研究所，專業人員近百人。