中國微生物學科技工作者的群眾性學術團體。中國科學技術協會的組成部分。1952年正式成立。在北京召開第一次全國代表大會,首屆理事長為微生物學傢湯飛凡。

  早在1928年,中國現代醫學的先驅伍連德、謝和平和林宗揚等即在北京發起成立過中國微生物學會。1937年改稱中國病理學微生物學會,移會址於上海。1945年在廣州開過大會。1950年在中華醫學會首都大會上成立中華微生物學會。11958年前中國微生物學會是中華全國自然科學專門學會聯合會(中國科協前身)的團體會員。1958年中國科協成立,中國微生物學會即轉為中國科協的團體會員。

  中國微生物學會下設基礎微生物學、工業微生物學、農業微生物學、醫學微生物學及免疫學、獸醫微生物學、人獸共患病病原學、真菌學、病毒學、生物制品、分子微生物學及生物工程、分析微生物學、生化過程模型化與控制、酶工程、環境微生物、幹擾素、微生物毒素等17個專業委員會和釀造學會。

  學會主辦的刊物有《微生物學報》、《生物工程學報》、《病毒學報》、《中國人獸共患病雜志》、《微生物學通報》和《中國釀造》。