通過細菌對礦石的作用，把礦物中不溶性的金屬化合物變成可溶性的化合物，再用一般濕法冶金方法從溶液中進行回收的過程，又稱為微生物冶金或細菌採礦，也曾稱為細菌冶金。能使用的微生物有許多種，在生產上已應用的有氧化亞鐵硫桿菌。此菌在硫化礦床酸性礦水內，隻需簡單的無機營養物便能生活，能在酸性條件下把硫酸亞鐵或黃鐵礦氧化為硫酸高鐵。酸性硫酸高鐵是一種強氧化浸取劑，能與礦石中的許多礦物進行化學反應，使金屬成為硫酸鹽。
目前，細菌浸取在生生產上的應用主要是：堆積浸取或地下浸取含堿性脈石少的低品位次生硫化銅礦；地下浸取采礦後殘留在采場內的鈾礦，如中國安徽銅官山和湖南水口山等礦區曾采用細菌浸取；某些銅鋅精礦用細菌法攪拌浸取，也接近工業應用；對砷鈷礦的鈷及高硫錳礦的錳，浸取效果也很顯著。細菌浸取有一定局限性，如浸取周期長、環境溫度要適宜等，因此它的應用受到一定限制，是一個發展中的課題。