積於沼澤表面或含於沼澤草根層和泥炭層中，以自由水（也稱重力水）和粘著水（包括毛管水、薄膜水、滲透水和化合水）兩種形式存在的水體。
水文特徵 沼澤水有各種補給來源，位於分水嶺上的沼澤體，沼澤水的唯一補給來源是大氣降水。緩坡上的沼澤體，以大氣降水補給為主，低窪處常有地表徑流過境。地下水出露帶上的沼澤，以地下水補給為主。平原地區流域分水線處的沼澤，由大氣降水和當地徑流補給，河流階地地坡腳處還有地下水補給。河漫灘上的沼澤，大多為河水、地下水和大氣降水共同補給。海濱沼澤由海水和降水補給。內陸幹旱區的沼澤多為地下水補給。另外，無論沼澤發育在何種地貌部位上，隻要沼澤表面發育成凸形，就隻有大氣降水補給。
沼澤表面上水的流動與一般地表徑流相同。沼澤水的滲流呈層流狀態，服從達西定律，其流速大小與滲透系數和水力坡度有關。滲透系數可用經驗公式表示：
式中K為滲透系數；Z為潛水位埋深；A和m為常數。滲透系數取決於草根層和泥炭層的結構。沼澤表層以下結構稍緊實，滲透系數隨之減小。
泥炭沼澤從表面到潛水位活動帶的下界為活動層，其下為惰性層。無泥炭沼澤的草根層與泥炭沼澤的活動層大體相當，其下為腐質泥層，再下為潛育層。活動層和草根層的表層孔隙大，沼澤水流動速度大，一般每天2～3米，有的能達幾十米。當潛水位下降到惰性層或腐質泥層時，沼澤水的流速幾乎等於零。
沼澤草根層和泥炭層中的水流叫沼澤表層流（也稱表底流），其流量隨潛水位埋深增加而減少。
沼澤水除由植物棵間直接蒸發外，還被植物根系吸收並通過枝葉散發。因此，表面有薄層積水的沼澤，其總蒸發量比純水面蒸發量大。潛水位下降，而毛管水仍能達到地表時，總蒸發量還相當大。泥炭沼澤中表面凸起者的蒸發量小於表面平坦或凹形者的蒸發量。
化學性質 沼澤水渾濁，呈黃褐色，有腥臭味。有機酸和鐵錳含量較高者，水面常呈現紅褐色。除幹旱地區的鹽沼和海濱沼澤外，礦化度都較低，一般不超過500毫克/升。硬度很低，pH為3.5～7.5，呈弱酸性或中性反應，其中呈弱酸性者居多。沼澤水中的主要陰離子有HCO3-、SO42-、Cl-，主要的陽離子有Ca2+、Mg2+、K+、Na+以及Fe2+、Fe3+、NH4+、Mn2+等。沼澤水中含有較多的腐植酸，含量從每升幾毫克到上百毫克。水中溶解的氣體主要有CO2、O2、H2S、N2等。水化學類型主要為重碳酸型和硫－氯型兩類。
發育在地形較高處的沼澤和沼澤表面凸起的部位，沼澤水的礦化度最低，一般不超過45毫克/升，pH值3.5～5.9，腐植酸的含量較高，約85～140毫克/升，多屬硫－氯型；發育在地形較低處的沼澤，表面平坦或呈凹形的沼澤部位，沼澤水的礦化度較高，可達500毫克/升，pH值6.0～7.5，腐植酸多在每升幾毫克到數10毫克之內；內陸鹽沼和海濱沼澤中的沼澤水，含鹽量較高。沼澤中的耐鹽喜水植物起著調節沼澤水中含鹽量的作用。
中國若爾蓋高原（屬高寒地區）上的草本泥炭沼澤，沼澤水的礦化度100～500毫克/升，pH值6.2～7.5，二氧化碳含量最高可達700毫克/升。主要為重碳酸鈣鎂型和重碳酸鈣鈉型，也有重碳酸鈣和重碳酸氯鈣型的。三江平原無泥炭沼澤中的沼澤水，礦化度40～500毫克/升，pH值6.2～7.5，硬度0.5～3.0毫克當量/升，腐植酸含量0.65～15毫克/升，含鐵量可達6毫克/升，主要為重碳酸鈣鎂型。
水量平衡 蒸發量大、徑流量小是沼澤水量平衡的重要特點。濕潤地區，例如蘇聯的西北部，蒸發量占總支出量的75％，徑流量占25％；在水分不穩定地帶，例如中國的三江平原的沼澤地，蒸發量占總支出量的84％，徑流量占16％。水量平衡中蒸發量與徑流量也有季節變化：冬季蒸發量很小，徑流是主要支出項；夏季徑流量大，蒸發量也大；暮秋至初冬蒸發迅速減小。這些地帶的沼澤區因近地面氣層濕度大，沼澤特殊的熱學性質等原因，在9～10月還能觀測到凝結水的現象，其蒸發量為負值。