以土壤作為活動場所完成其全部或部分生活史的真菌。廣義的土壤真菌還包括森林表土腐朽植物和枯枝落葉層上的真菌。

  土壤真菌可分為土壤習居菌和土壤寄居菌兩類。前者在土壤中經常廣泛地存在,如腐質黴屬、毛黴屬、青黴屬等;後者是植物或動物的寄生菌。按具體生境可把它們分為森林土壤真菌、耕地土壤真菌、荒地土壤真菌、濕地土壤真菌、火燒土真菌等。按研究物件(如植物根)也可把它們分為根圍真菌、根表真菌、菌根真菌、維管束真菌等。如果按生理類型區分分,則可分為植物寄生菌、動物和人體寄生菌、纖維素分解真菌、木質素分解真菌、果膠和半纖維素分解真菌、甲殼質(角素)分解真菌、糖真菌、捕食性真菌等。

  多數土壤真菌分佈廣,但是某些屬種有其最適宜的生境。青黴屬、毛黴屬的分佈北方多於南方,而鐮刀菌屬、根黴屬、異水黴屬、小克銀漢黴屬、笄黴屬、曲黴屬的分佈則南方多於北方。土壤真菌的種類和數量以表土層和亞表土層為最多,隨著土層的加深而逐漸減少,但青黴屬、曲黴屬、毛黴屬、接黴屬、瓶黴屬、樹粉孢屬、被孢黴屬、木黴屬的某些種是常見的深土層分佈菌。

  土壤真菌的消長順序通式為:糖真菌-→半纖維素分解菌和果膠分解菌-→纖維素分解菌-→甲殼質分解菌。青黴屬、曲黴屬、木黴屬、毛黴屬、鐮刀菌屬、鏈格孢屬和枝孢黴屬是占優勢的糖真菌。青黴屬、曲黴屬、根黴屬、鐮刀菌屬、葡萄孢屬的某些種和出芽短梗黴是比較常見的半纖維素和果膠分解菌。木黴屬、鐮刀菌屬、鏈格孢屬、青黴屬、曲黴屬、腐質黴屬、毛殼屬、漆斑黴屬、葡萄穗黴屬、蜜環菌屬、杯傘屬、口蘑屬和小皮傘屬的某些種具有強分解纖維素的活力。群聚多壺菌、節皮絲黴屬、解角質黴、發癬菌屬、裸囊菌屬和節黴屬的一些種具有強分解角蛋白的活力。鏈格孢屬、青黴屬、單孢枝黴屬和色串孢屬的某些種,在實驗室條件下對香草醛和P-羥基苯醛一類的擬木素有分解活力,而擬青黴素、帚黴屬和星黴屬的某些種可能與腐殖質分解有關。

  根圍真菌的消長順序隨作物的株齡而異,如燕麥根圍真菌在植株的幼齡階段以毛黴科和不知屬種的白色不孕菌絲為優勢菌,在植株的中齡階段以擬球殼目為優勢菌,在植株的老齡階段以鐮刀菌、不知屬種的暗色不孕菌絲和子囊菌為優勢菌。

  土壤真菌的數量依季節的變化而改變,發酵型真菌(有可利用基質時才活躍起來的土壤真菌)的數量秋季最多;土著型真菌的數量夏季最多。

  有許多土壤真菌是重要的植物病原菌,另外,還有與植物共生的菌根菌,它們對植樹造林起著重要作用。土壤真菌也參與動、植物殘體的分解,成為土壤中氮、碳循環不可缺少的動力,特別是在植物有機體分解的早期階段,真菌比細菌和放線菌更為活躍(見土壤微生物區系)。