1562～1598年，法國各派勢力以天主教同新教胡格諾派之間的對抗為契機而引起的長期內戰。
起因 中世紀以來，作為法國國教的天主教會素與封建政權緊密結合。16世紀初，宗教改革運動在德意志爆發，以J.加爾文為首的一些法國改革派迅速作出回應。但在相對強大的天主教勢力和較統一的王國政權聯合壓制下，運動所面臨的阻力遠比在德意志為大。1534年，加爾文等大批改革派逃亡日內瓦。但加爾文的改革革主張和神學理論，繼續在法國廣泛傳播，並出現瞭一些非國教的教會組織和自行組合的集會；參加者大多屬加爾文派，後被稱作胡格諾派。因該派在法國南部和西南部力量較強，一些對君主制不滿的貴族為牽制專制王權，而支持胡格諾派。覬覦王位的顯貴傢族也想乘機攫取權力而宣佈改信新教。這類貴族，尤其是後者，常被稱為“政治性的胡格諾派”。以納瓦勒的安東尼為首的波旁傢族為其突出代表。16世紀40年代，法王亨利二世指定特別法庭懲辦異端，大批胡格諾派人士被處火刑。這反而使加爾文學說傳播得更廣。1559年胡格諾派在巴黎舉行全國性會議，並根據加爾文的理論制訂長老制教會憲章。亨利二世死後，王室為穩定局面曾謀求教派間的和解。但是，1560年在帕西和次年在普瓦西舉行的天主教、新教會談，均無建樹。1562年王室頒佈敕令，給胡格諾派以公民權，並準許他們在城堡以外的市鎮舉行禮拜。這一措施激怒瞭天主教顯貴傢族中的強硬派，吉斯傢族的弗朗索瓦公爵於1562年統率人馬進入巴黎，途經瓦西鎮時，襲擊瞭正在禮拜的胡格諾派教徒，致使傷亡數百人。隨即引發瞭這場時斷時續長達30餘年的內戰。
經過 第一階段從1562～1572年。其間，弗朗索瓦公爵被新教徒暗殺，安東尼受傷致死。1570年雙方休戰，胡格諾派曾獲得有限度的信仰自由。1572年8月，胡格諾派重要人物雲集巴黎，參加該派領袖納瓦勒的亨利（安東尼之子）的婚禮，並準備同天主教舉行會談。8月24日（即天主教的聖巴托羅繆日）前夜，天主教武裝力量在弗朗索瓦之子亨利·吉斯的領導下，以各教堂鳴鐘為號，對毫無戒備的胡格諾派發動瞭突然襲擊。一夜之間，胡格諾派被屠殺者達數千人，史稱聖巴托羅繆日慘案。暴行隨之蔓延各地，數萬胡格諾派教徒遇害。納瓦勒的亨利宣佈脫離新教而得幸免。隨之內戰再度爆發，爭鬥益烈。
第二階段從1573～1585年。1573年胡格諾派在法國南部、西南部組成聯邦共和國。1576年亨利·吉斯在北部成立“天主教同盟”，並得到西班牙和教徒的支持。國王亨利三世為擺脫吉斯傢族的控制，開始與胡格諾派加強聯系。不久，國王同吉斯開戰。1579年以來，不滿於作戰各方的農民群眾在法國各地也多次發動起義。這時西班牙乘機出兵幹預，支持天主教派，英國及德國則支持胡格諾派。
第三階段常被簡稱作“三亨利（亨利三世、亨利·吉斯和納瓦勒的亨利）之戰”。由於戰爭夾雜著國際因素和農民的反封建鬥爭以及貴族之間的權力爭奪，因此已不隻是單純的宗教戰爭。亨利三世殺死亨利·吉斯後與納瓦勒的亨利妥協，共同進軍巴黎。當時巴黎市民既不同意對胡格諾派讓步，又不滿於天主教派的專橫，乃於1588年組成“巴黎同盟”，宣佈獨立。1589年，亨利三世被多明我會修士刺殺，納瓦勒的亨利接替王位，稱亨利四世。法國波旁王朝從此建立。1590年亨利四世進軍巴黎，西班牙軍隊圍攻裡昂。為瞭討好在巴黎占優勢的天主教派，亨利又一次背棄胡格諾派而改奉天主教。並聲稱“用一臺彌撒來換得巴黎是很值得的”。1594年，亨利進入巴黎，胡格諾戰爭遂告結束。1598年亨利頒佈折衷的《南特敕令》（1685年被路易十四廢除），重申天主教為法國國教，歸還天主教會被沒收的土地財產，但不允許教皇幹涉法國天主教會事務；同時給予胡格諾派宗教信仰和舉行宗教會議的自由，並享有擔任公職以及保留100多座武裝城堡等權利。