近代中國傳統醫學發展史上出現的一個學術思潮。它是近代西洋醫學傳入中國以後，中醫與西醫兩種不同思想體系和科學方法互相作用的結果，是傳統中醫在面臨一個完全不同的醫學體系的衝擊下，為探索自身進一步發展、摸索新的發展道路的一種努力。在近代中國醫學發展史上具有極為深遠的影響。
自古以來，世界各個古老的文化系統，包括自然科學在內，就有著互相滲透、互相影響的現象。古希臘、古印度和古阿拉伯醫學系統都不是一種單純的醫療知識體系，而是或多或或少地包含著其他醫學系統的知識。《隋書·經籍志》中所載西域、婆羅門、胡國等醫學方書甚多，都是與中醫傳統體系不同的異國、異族醫學。隋代巢元方、唐代孫思邈、王燾等著名醫傢的重要代表專著中，都吸收瞭一些西域醫學的內容，這說明自古以來中國人民就善於吸收外來的優秀文化。但這些與近代的中西醫匯通的性質不同，後者所說的西醫是指西歐在文藝復興以後，用近代科學武裝起來的實驗醫學。
近代的西洋醫學最早主要是以牛痘接種術的方式輸入中國的。1805年，有英國人皮爾遜醫生譯出《英吉利國新出種痘奇書》介紹牛痘術，葡屬商人許威把牛痘“活苗”帶來澳門。隨後，清朝派人到澳門學習種牛痘法，並頒令在全國推行，隨之牛痘術逐漸代替瞭人痘接種法。
此前，已經有一些西醫書籍，主要是人體解剖方面的專著陸續傳入中國，逐漸產生影響。明末清初的一些有影響的官吏、思想傢和科學傢，如徐光啟、方以智等人，他們有機會接觸西方的近代科學，因而或多或少地受到一些影響。方以智在自己的科學著作如《物理小識》、《脈考》、《古方解》中，大量引入西方的解剖生理學知識，“存以備引觸”，補充中醫的不足。在《物理小識》自序中，他從哲學的高度指出：西學“詳於質測而拙於言通幾”。質測指自然科學中的具體實驗，通幾則是指抽象的思維科學。這是他所以要引述一些具體的解剖生理知識的思想基礎。盡管他並未具體提出匯通中西醫的方法，但他的這些做法實際上已經具備中西醫匯通的思想萌芽，是中西醫匯通學派的先聲。
中西醫匯通思潮是在19世紀中末期西洋醫學大量湧入中國而逐漸形成的。由於西方帝國主義獲得自由出入中國各通商口岸的特權，他們就大量興辦醫院、醫學校、藥廠；同時，又翻譯包括基礎醫學和臨床醫學在內的各種西醫書籍，還大量吸收留學生，派遣傳教醫士。在西洋醫學這樣猛烈的沖擊下，由於帝國主義、官僚買辦階級的偏見，也由於兩種醫學體系的思維方法、理論體系和研究方法的迥異，必然給傳統醫學的發展前景帶來影響。中西醫匯通代表著近代中醫發展的正確方向，沒有貶義。不管有沒有改良派、洋務派、革新派等等政治派別和思潮的存在，醫學上必然會產生匯通思想，從而導致匯通派的產生和發展，盡管首先提出中西醫匯通的不是醫傢而是政治人物李鴻章。
由於不同的動機、不同的方法，中西醫匯通派又有著不同的思潮和方法，在匯通的進程上也有不同的深度和廣度。
有一派的思潮認為中醫傳統的體系是一個完善的系統，總的說比西醫高明。但是，他們又不能不承認西醫體系中有些值得學習的內容，而學習這些東西，主要是要保持住中醫固有的體系，不至於湮沒在西洋醫學浪潮的沖擊之中。這一派的主要代表是唐容川。他雖然也說過“西醫亦有所長，中醫豈無所短”的話，希望“不存疆域之見，但求折衷歸於一是”，但他畢竟是保守的，認為中醫已發展到“氣化”的階段，超越瞭解剖學的階段。因此，他認為“西醫近出，似精實粗，群焉趨之，以為新異……去明就暗，以求殺人，豈非世之大患哉”。實質上，這種匯通是比較初級的，甚至可以說是貌合神離的。
另一種思潮則認為，中西醫這兩種體系各有長短，需要互相學習，互相吸收對方的優點，這樣才能使傳統醫學接受新鮮事物，繼續發展和提高，達到一個新的階段。也有人認為有可能融通兩者之長，形成一個新的體系。這種思潮在近代醫學發展史上占主導地位。其代表人物有朱沛文、惲鐵樵、楊則民和張錫純等人，他們都不同程度地深入學習瞭西醫的知識。
朱沛文主要從生理解剖學的角度出發，認為兩個體系各有短長，“各有是非，不能偏主，有宜從華者，有宜從洋者。大約中華儒者精於窮理而拙於格物，西洋智士長於格物而短於窮理”。他反對“空談名理”，重視“察臟腑官骸體用”，主張把二者結合起來。但他的匯通還沒有深入到臨床應用階段。
惲鐵樵對西醫作瞭較深入的學習、研究，從理論上闡明中西醫匯通的重要意義。他一方面在著作中與全盤否定、消滅中醫的謬論開展論戰，維護中醫的生存權益；另方面又主張“欲昌明中醫學，自當溝通中西，取長補短”，“吸取西醫之長，與之化合，以產生新中醫”。認為這種中醫是一種“不中不西，亦中亦西”的醫學。他在這方面的代表作有《群經見智錄》、《生理新語》、《脈學發微》等多種。
張錫純不僅從理論上進行中西醫學匯通的嘗試，更進一步從臨床上，尤其是中藥與西藥的結合方面身體力行，付諸實踐，創制出一些中西藥結合的治療方劑。他的代表作是《醫學衷中參西錄》。楊則民的《內經哲學之檢討》則主要從哲學的高度探討中醫理論之提高、中西醫辨證和辨病之互通。
這些思潮，形成瞭近代中醫發展史上一股強勁的、不容忽視的潮流。近代中醫大都自覺或不自覺地卷入這股潮流中。
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