對水產經濟動植物的分佈、行動、資源的數量變動和開發利用等有影響的環境條件的調查。調查的內容主要包括以下兩個方面：①環境對魚類等水產動物行動和分佈的影響，如水濕、海流、水團、樓中樓和餌料生物等對魚類等水生動物的洄遊、分佈、集散和垂直移動的影響，即屬漁場形成機制有關的環境調查；②環境對漁業資源數量變動的影響。資源量的大小是由世代變動決定的，而世代變動又決定於發育初期的某些環境條件（如餌料生物、海流和水溫等），因此發育初期的環境條件是決定資源量大小的主要因素。此外外對捕撈作業有影響的環境條件如大風或濃霧等氣象條件，海底地形、底質結構和流況等也屬調查范圍。
調查的具體項目可分為非生物環境與生物環境兩大類。非生物環境項目主要包括水溫、鹽度、海流、潮汐、波浪、水色、透明度、水團、躍層、徑流量、流速、水位、泥沙含量等水文物理項目，溶解氧、氫離子濃度(pH)、營養鹽類中的磷酸鹽、矽酸鹽、硝酸鹽等化學項目，以及海底或湖底地形、底質和氣象條件等。生物環境項目包括餌料生物（一般指魚類等攝食的浮遊植物、浮遊動物、底棲生物和小型魚類等）、微生物、敵害生物、共棲生物和競食者等，其中最主要的是餌料生物。
調查方法基本可分為常規調查和專題或專項調查。常規調查一般是在某海區的較大范圍內進行定期、定點調查和定點連續觀測，主要是為瞭瞭解和掌握某海區或水域環境條件在空間上的分佈狀況和隨時間的演變規律。專題或專項調查，主要是針對不同種類的漁業生物及其不同生活階段對環境條件的要求而進行的專題性調查。如在索餌肥育階段，以餌料生物等生物性因子為主；在越冬階段以水溫因子為主；在生殖階段，一般不再攝食，主要調查與產卵場所有關的海底地形、河口區域的營養鹽類、初級生產力等。此外，魚類在發育初期的幼體對環境的要求與成魚有很大差別，所以對幼魚和成魚必須分別進行調查。
漁業環境調查與一般水域環境調查的相同點在於二者都要調查研究水域環境本身各因子的分佈狀況和演變規律，同時，具體項目（如水溫、海流、溶解氧和浮遊生物等）的調查方法上也一致的。其主要差別在於漁業環境調查必須與魚類等水生動物的數量分佈和生物學調查相結合，才能確定環境條件與漁業生物資源之間的相互關系，並找出它們之間聯系的規律性。