藻類植物的1門。又名：眼蟲藻門。無細胞壁，植物體除個別種類為樹狀群體外，都是具鞭毛遊動型的單細胞體。多數種類含有與綠藻門相似的色素體，有或無蛋白核，僅有少數種類不具色素體而成為無色種類，但貯藏物質均為類似於澱粉的副澱粉和脂肪。全世界約40屬，1000多種。中國現記錄有20屬，約300種。分佈較廣。多數產於淡水，少數產於咸水和半咸水，極少數生長在潮濕土壤上或冰雪中，也有寄生或附生的種類。
原生質體表層不同程度地硬化成為表質質，表質表面具螺旋或直走線紋；細胞前端有一燒瓶形的貯蓄泡，開口於細胞先端，並自其底部長出1或2條，或罕為3至更多的鞭毛，自先端開口伸出體外；在貯蓄泡的一側，具1至數個司排泄作用的伸縮泡，原生質中的廢液匯集在其中而滲入貯蓄泡以排出體外；在貯蓄泡的壁上常具一個有感光功能的眼點。營養方式有植物性、純動物性或腐生性。不同程度富營養水體中常生長特有的種類，可利用其作為鑒別有機污染程度的指示生物或凈水水質。
按照1950年G.M.史密斯的分類系統，裸藻門僅裸藻綱(Euglenophyceae)1綱2目即裸藻目(Euglenales)和柄裸藻目(Colaciales)，前者包括能自由運動的種類，分為3科：①裸藻科(Euglenaceae)，②變胞藻科(Astasia-ceae)，③袋鞭藻科(Peranemaceae)；後者包括附生的種類，僅柄裸藻科(Colaciaceae)1科。常見的種類多屬於裸藻科的裸藻屬(Euglena)、扁裸藻屬(Phacus)和囊裸藻屬(Trachelomonas)。
此門藻類僅在含有的色素上表示它可能是接近於綠藻門植物的一個類群。不少藻類學傢都認為它的分類位置尚未確定。