從事微生物基礎理論和應用基礎研究的國傢級專業機構。簡稱中科院微生物所。1958年12月3日於北京成立。由中國科學院應用真菌研究所（1956年11月成立）和北京微生物研究室（1957年5月成立）合併而成。戴芳瀾、鄧叔群、閻遜初和方心芳院士為創始人。歷任所長戴芳瀾(1958～1967)、薛禹穀(1978～11985)、宋大康(1985～1991)、閔培瑾(1991～1995)、孟廣震(1995～1999)、方榮祥(1999～2004)、高福(2004～ )。該所圍繞微生物資源、工業與應用微生物、病原微生物與免疫三大研究領域，設有微生物資源、微生物基因組學、極端微生物、能源與工業生物技術、微生物代謝工程、環境生物技術、農業生物技術、分子病毒和分子免疫9個研究中心。擁有微生物資源前期開發國傢重點實驗室、植物基因組學國傢重點實驗室、中國科學院真菌地衣系統學重點實驗室，亞洲最大的具有40萬號標本的中國菌物標本館和中國最大的具有25 000多株菌種的中國微生物菌種保藏中心（世界知識產權組織批準的佈達佩斯條約國際保藏單位）。截至2005年底，在遺傳工程、基因組學、醫藥健康等應用基礎研究，在發酵工程、酶工程、環境保護和植物生物技術等應用研究方面，為中國的微生物學科發展作出瞭貢獻。主辦《微生物學報》、《生物工程學報》（中、英文）、《菌物學報》、《微生物學通報》。