生物的一種相對靜止狀態。伴有代謝活動的明顯降低。常見的包括微生物孢子的休眠；植物種子、其地下部分或整個植株的越冬休眠；昆蟲的滯育，以及高等脊椎動物的冬眠和夏眠，但不包括動物的日週期的生理睡眠。休眠在多數情況下是季節性的，許多動物借越冬休眠以避嚴寒，在低緯乾旱區動物借夏眠度過酷暑。但某些壽命長的生物有以年為週期的休眠。季節性的氣候變化既影響生物的生理活動，又影響生物的食源，因此在長期進化過程中生物各自發展出不同的適應方式，借休眠以抗禦不利條件便是其中的一種。。季節性的休眠常受機體的內在節律控制，外界條件的變化隻起促發作用。為增加體內的能量儲備，高等生物入眠前常需較長的準備階段。日照長短最能反映季節的變化。冬日到來之前，日照逐漸減短，這促使生物為冬眠作準備。在環境變化無常的情況下，休眠常無明顯的周期規律性，而是隨環境的變化而發生，對壽命短暫的低等生物尤其如此。此外，休眠期還可能是生物生活史的一部分，例如17年蟬以幼蟲和蛹的形式在地下休眠17年後發育為成蟲。處於休眠期的微生物孢子、植物種子以及寄生蟲包囊，是這些生物借以擴散的重要方式。
植物的休眠 不同緯度帶植物的休眠習性不同。熱帶、亞熱帶的木本植物不能忍耐零下的低溫，在零下低溫情況下會受凍害而死亡；也不能長期處於0～9℃的低溫條件中，在這個溫度范圍也會發生傷害(寒害)。所以，許多中國南方的觀賞植物，如米蘭、白蘭等在北方不能露地越冬。生長在北方的樹木對當地環境已經適應，增加瞭抗寒力，落葉休眠是這些植物抗寒的一種具體表現。寒帶與溫帶的喬木和灌木，其落葉休眠受日照和溫度控制，當日照時數逐日減短時，氣溫也隨之下降，此時葉內合成的生長抑制因子輸送到芽與莖枝，促使其休眠。在葉柄基部也開始形成離層，逐漸切斷水分與養料的供應，於是葉片枯黃脫落，植株進入越冬休眠。若在此時剪取枝條插入水中，置於溫室內，枝條仍保持原狀而不萌發新葉，該現象稱自然休眠，是由內在的生物節律決定的。據研究，這是通過脫落酸的抑制作用而實現的。在自然低溫中經過一個月以上的植物枝條，置於溫室中仍然萌發新葉，這是因為脫落酸含量已減少，而促進生長的吲哚乙酸等物質含量增加。但此時若置於室外，則因寒冷而不能萌發，這稱為強迫休眠。熱帶、亞熱帶的喬木和灌木一般為常綠樹，在年生長周期中沒有明顯的休眠期，隻是在幹旱或低溫時期暫時停止生長，一旦溫度水分條件適宜即能萌發新梢。正因為橡膠樹在冬季沒有休眠期，其新枝葉常被強大寒流造成的低溫凍壞。
兩年生植物多以塊莖、鱗莖與塊根等器官越冬，它們的休眠期也各不相同。例如，馬鈴薯塊莖一般有1～2個月的休眠期。在此期間不萌發，若作種用便需用赤黴素浸泡催芽。但馬鈴薯塊莖自然解除休眠後，在室溫條件下就會抽芽，從而消耗貯藏的養分，影響食用品質。如欲保存，可用射線或激素控制其生長。
種子的休眠 許多植物（特別是一年生野草）的種子成熟後不能即時萌發，即使溫度、濕度、氧氣等條件都滿足也是如此，這稱為休眠種子。導致休眠的原因有許多，其中包括種皮的限制。種子萌發，首先要吸收水分，使胚細胞原生質由休眠時的凝膠狀態變成溶膠，從而使各種生理生化反應加快。各種細胞器的功能也活躍起來，產生代謝能量並合成蛋白質等物質。這些過程還要求一定的溫度和氧氣供應。若種皮限制水分的透過（如薺菜、車軸草的種子）則種子即使浸在水中也不萌發。椴樹、萱草、西葫蘆的種子都有不透氧的種皮，要去掉之後才能萌發。漆樹與烏桕的種子外部有一層蠟質，限制水分和氣體的透過，也必須破除種皮才可促進其萌發。在自然界中，外界的種種理化因子會分解削弱種皮組織，增加其通透性。這包括冬季的凍結和融溶過程，以及種子被動物吞服後經受的消化作用等。
另一些種子則因抑制物質的作用而持續休眠。許多薔薇科植物如蘋果、桃、山李等的種子，雖然胚已分化完善，但還需要在5℃左右的濕沙中貯存1～2個月才能萌芽。在自然生態環境中，落葉喬木的果實成熟後落到地上被落葉覆蓋，經過冬季低溫後才萌發，這樣來春幼苗便能在適宜的環境中生長。對於許多秋實春發的野草這點尤為重要，可以此保證群體的生長優勢。這類種子的休眠原因主要是抑制物質的作用，其中以脫落酸為主。它的存在抑制胚的生理活動與能量代謝，使之難以分化生長。在濕沙低溫貯藏中，抑制物減少，促進生長的物質（如吲哚乙酸、赤黴素、細胞分裂素）增多，於是休眠結束，胚能長大。
動物的休眠 由於水域中條件比較穩定，因此水生動物缺乏典型的休眠現象。但肺魚可在旱季池沼幹涸時鉆入泥中休眠，以待雨季來臨。上陸後的兩棲類以及常年陸棲的爬行類都有冬眠現象。在恒溫動物中，鳥類以遷徙方式躲避冬寒。冬眠現象在哺乳類中較為發達，食蟲、翼手、嚙齒3個目中都有冬眠。嚴格說來，“冬眠”一詞僅指恒溫動物的越冬休眠，它是一種主動過程。雖然動物在冬眠期間體溫與環境溫度相近，一如變溫動物，但遇到適宜刺激或按自身節律達到覺醒期時，其體溫即可在短期內上升，恢復通常體溫。
冬眠有深淺之別。熊在冬眠中體溫仍保持34℃，雖在冬季數月內不進食，呼吸頻率降為每分鐘2～3次，但遇有外警便能奮起逃避。分佈在歐亞大陸北部的金花鼠也屬此類。這種淺冬眠可稱冬睡。極地松鼠的冬眠是真正的冬眠。在冬眠穴中，其體溫可降至與氣溫相近，呈完全麻痹狀態，但心臟仍跳動，在5℃時每分鐘僅跳動一次。冬眠的動物也消耗體內儲存的養料。冬眠的鼠類在穴中儲備有食物，每次覺醒時都要進食。哺乳動物進入冬眠前有個過渡階段，其長短因種類而異。典型的方式是要經多次昏睡和覺醒，每經一次昏睡，降溫加深一次，直至進入冬眠。例如極地松鼠的冬眠，並非一眠至春，而是3周左右覺醒一次。動物在冬眠期中，呼吸次數、心跳頻率、呼吸耗氧量均大為減少。休眠的刺蝟，心跳可減少到一小時隻有一次，血壓接近於零。因其血液中的凝血酶原活性降低，血液不會在低流速中凝固。但血液中水分減少，紅細胞數目增加一倍，以提高供氧能力。休眠動物生理機能的改變主要受神經中樞控制。在休眠期所有內分泌腺均停止活動，各種代謝水平普遍降低。但至覺醒時，各器官的生理活動按一定順序迅速恢復正常，這個過程要消耗大量能量。經過整個冬眠期後，冬眠動物的體重可減輕40％左右。
昆蟲的休眠 昆蟲的休眠與高等動物有所不同，除一般的休眠外，另有一種昆蟲特有的滯育現象。一般休眠以外界因素為主導，在外界條件不利於生長時開始休眠，有利時則恢復生長。外界因素以溫度最重要，在溫帶和寒帶地區，昆蟲多行冬季休眠。在冬季來臨之前，進入隱蔽處休眠越冬，例如黏蟲、甜菜夜蛾、東亞飛蝗等。它們在冬眠期間若遇適宜生長的光、溫、食物等條件，便可結束休眠。所以冬季氣候冷暖變化幅度大時害蟲易被消滅。另有一些昆蟲（如地老虎），在幹燥炎熱的夏季休眠，這種現象稱為夏眠（夏蟄）。有夏眠習性的昆蟲多分佈於中國長江以南地區。滯育是昆蟲發育的一個環節，常由內在生物節律所決定，環境因素可起促發作用。但有時外界氣候的異常變化也可造成滯育。不論起因如何，滯育過程必須經歷一定時間或經特定因素的刺激方可完成。滯育期的長度因蟲種而異。每年滯育的蟲種，滯育長度在2個月以上。例如大地老虎，每年一代，以成熟幼蟲滯育度夏，10月初開始化蛹，再羽化成蟲。多年滯育蟲種，滯育長度在2年以上，如蟬的幼蟲期，長度可達17年之久。日照長度的改變是常見的促發因子，玉米螟、棉鈴蟲、瓢蟲等，當每天日照長度短於12小時即開始進入滯育狀態。這類昆蟲稱為短日照滯育型（又可稱為長日照發育型）。又如地老虎、小麥吸漿蟲等，在長日照中滯育，而在短日照中生長，則為長日照滯育型（或短日照發育型）。據研究，昆蟲的滯育受神經內分泌系統調節，這種生理狀態可以經一定時間後自動消失，也可用激素或光、溫刺激加速其消失。在休眠或滯育期中，蟲體的生理活動減弱，呼吸耗氧少，體細胞內自由水減少，所以抵抗力增加，有利於生存。見冬眠。