東晉道士。農民起義領袖。字靈秀，祖籍山東瑯琊（今山東膠南、諸城一帶），後徙江南瑯琊郡（今江蘇句容北）。出身庶族地主，世奉五鬥米道。其叔孫泰師事錢塘五鬥米道首杜子恭，曾以道教聯絡下層群眾，並於隆安二年(398)乘討伐南兗州刺史王恭之機起兵，事敗被殺。孫恩因之被迫流亡海島(據考證為舟山群島)。隆安三年，孫恩率眾登陸攻克會稽（今浙江紹興），自號征東將軍，號其徒眾為“長生人”。浙東八郡，一時俱起。《晉書·孫恩傳》稱:“其婦女有嬰累不能去者，囊簏盛嬰兒投於水，而告之之曰：‘賀汝先登仙堂，我尋後就汝’。”旬日之間，從者數十萬。義軍所到之處，毀宮府，殺惡吏；並號令“誅殺異己”，對與敵為伍之道徒，亦予問斬。會稽內史王凝之、中書郎孔道、太子洗馬孔福等人，雖皆為五鬥米道徒，均因此被殺。義軍後為東晉將領劉牢之所挫，孫恩率部20餘萬人回海島。隆安四年至元興元年(400～402)，又先後三次登陸，轉戰各地，歷經數十戰，終因進攻臨海(今屬浙江)失敗，投海自沉。徒眾謂其已成“水仙”，投水相殉者百數。《隋書·經籍志》著錄《孫恩集》5卷，已佚。