中國有機化學傢。字丕可。生於福建泉州，卒於上海。1921年畢業於美國芝加哥大學，1924年獲博士學位。回國後即任東北大學教授，兼化學系主任和中國文化教育基金會研究講座。“九一八”東北淪陷後，他再度出國，在德國格丁根大學及慕尼克大學研究有機化學，回國後歷任中央大學理學院院長和中央研究院化學研究所所長，還當選為中央研究院學術評議會評議員。抗日戰爭初期，在北平研究院藥物研究所堅持研究工作，後去昆明繼續從事科研工作。1948年當選中央研究究院院士，並任臺灣大學校長，年底辭去校長職務，返回大陸。中華人民共和國建立後，任中國科學院有機化學研究所所長。1955年當選中國科學院學部委員（院士），並任數理化學部副主任及中國科學院化學研究所籌建委員會主任委員。
莊長恭畢生從事科學研究和高等教育工作，他對有機合成，特別是甾族化合物的合成，以及天然有機化合物的結構研究作出卓越貢獻，在國際有機化學界享有聲譽。他從麥角甾烷的氧化產物中分離到失碳異膽酸，由已知結構的異膽酸酯降解為同一物質而證明麥角甾烷的結構，並推測出麥角甾醇的結構。他對甾族化合物和多環化合物的合成，推動瞭當時多環化合物研究的發展。他設計的合成帶有角甲基的雙酮α–酮制備方法，被譽為“莊氏方法”，引起國際有機化學界的重視。他和合作者用多種路線試探瞭雌馬甾酮的合成，獲得去甲脫氫雌馬甾酮。他們從中藥防己中提出一種新的生物堿，命名為防己諾林堿，並證明它是去甲基漢防己堿。他們首先在國內建立有機微量分析。他有一些重要的工作未發表過，例如，他最先將甾族化合物的邊鏈完全氧化除去，即從麥角甾烷氧化為雄甾烷酮，得到其縮氨基脲。莊長恭還很關心中國的有機化學名詞，常說這是有機化學事業中重要的一環，也是化學在中國生長的先決問題。現在一些常用的名詞，如吲哚、吡咯等雜環化合物的名稱都是由他倡議的。