裸子植物和被子植物特有的繁殖體，由胚珠經過受精形成。種子一般由種皮、胚和胚乳3部分組成，有的植物成熟的種子隻有種皮和胚兩部分。從演化觀點看種子的組成，既有新一代孢子體的雛體（胚），也有老一代的孢子體組織（種皮），並且還有雌配子體（裸子植物的胚乳）或由受精產生的新的滋養組織（被子植物的胚乳）。種子的形成使幼小的孢子體——胚得到母體的保護，並像哺乳動物的胎兒那樣得到充足的養料。種子還還有種種適於傳播或抵抗不良條件的結構，為植物的種族延續創造瞭良好的條件。所以在植物的系統發育過程中，種子植物能夠代替蕨類植物取得優勢地位。種子與人類生活關系密切，除日常生活必需的糧、油、棉外，一些藥用（如杏仁）、調味（如胡椒）、飲料（如咖啡、可可）等都來自種子。
種子的形態 種子的大小、形狀、顏色因種類不同而異。椰子的種子很大，直徑可達20厘米；油菜、芝麻的種子較小；煙草、馬齒莧、蘭科植物的種子更小。蠶豆、菜豆為腎形；豌豆、龍眼為圓球狀；花生為橢圓形；瓜類的種子多為扁圓形。顏色以褐色和黑色較多，但也有其他顏色，例如豆類種子就有黑、紅、綠、黃、白等色。種子表面有的光滑發亮，也有的暗淡或粗糙，表面粗糙的原因是表面有穴、溝、網紋、條紋、突起、棱脊等紋理。有些還可看到種子成熟後自珠柄上脫落留下的斑痕——種臍和珠孔。有的種子還具有翅、冠毛、刺、芒和毛等附屬物，這些都有助於種子的傳播。種子重量的大小差異很大，一個帶著內果皮的椰子種子，可以重達幾千克，而藥用植物馬齒莧種子的千粒重隻有0.13克，寄生植物列當的種子更小，千粒重僅在0.002 9～0.004 9克之間。
種子大小的差異懸殊，各有其生物學上的意義。例如椰子的種子很大，每株結實數量有限，但由於種子極易萌發，種子內又富含液體胚乳、營養充足，這樣，種子繁殖後代即可得到保證。那些體積極小的種子則以多取勝，雖然隻有占總數很少的種子能夠萌發，但仍可產生大量後代。許多一年生雜草植物就是以這種方式進行大量繁殖的。
種子的結構 裸子植物與被子植物種子結構非常相似，都由種皮、胚和胚乳3部分組成。
種皮 裸子植物和被子植物種子的種皮都由珠被發育而來，具有保護胚與胚乳的功能。
有些植物如紅豆杉和羅漢松的種子還具有假種皮，成熟後呈紅色。紅豆杉的假種皮呈杯狀，裡面包含種子。羅漢松的假種皮包圍於種子的外面，呈核果狀。銀杏的外種皮肉質化，中種皮骨質化，因此銀杏的種子常被誤認為果實。
被子植物的種皮結構多種多樣，如花生、桃、杏等種子外面的種皮結構簡單，薄如紙狀；小麥、玉米、水稻、萵苣的種子果皮與種皮愈合，種子成熟時種皮被擠壓而緊貼於果皮的內層；有些豆科植物和棉花的種子具有堅硬的種皮，種皮的表皮下有柵欄狀的厚壁組織細胞層，表皮上有厚的角質膜。有些豆類種子由於角質膜過厚形成“硬實”，不易萌發。棉子的表皮上有大量的表皮毛，就是棉纖維。番茄種皮的表皮細胞柔軟透明呈膠質狀，並有刺突起。石榴種皮的表皮細胞伸展很長成為細線狀，細胞液中含有糖分可供食用；荔枝、龍眼的種子可食部分與石榴不同，是由假種皮肉質化而成，假種皮由珠柄組織凸起包圍種子而形成。
種皮的結構與種子休眠密切相關。有的植物種皮中含有萌發抑制劑，因此除掉這類植物種皮，對種子萌發有刺激效應。
胚 由受精卵發育形成。發育完全的胚由胚芽、胚軸、子葉和胚根組成。胚的各部分在種子萌發時形成植物的不同結構，胚根形成主根，胚芽發育成新植株的莖和真葉，胚軸伸長將胚芽或連同子葉推出土面。裸子植物的胚（圖1）都是沿著種子的中央縱軸排列，不同種類種子的胚之間唯一不同的是子葉數目，變動在1～18個之間。但常見的子葉數目為兩個，如蘇鐵、銀杏、紅豆杉、香榧、紅杉、買麻藤和麻黃等。
圖1 松的種子
被子植物胚的形狀極為多樣，橢圓形、長柱形或程度不同的彎曲形、馬蹄形、螺旋形等。盡管胚的形狀如此不同，但它在種子中的位置總是固定的，一般胚根都朝向珠孔。
胚的子葉也多種多樣，有細長的、扁平的，有的含大量儲藏物質而肥厚呈肉質，如花生、菜豆（圖2）；也有的成薄片狀如蓖麻（圖3）。有的子葉與真葉相似，具有鋸齒狀的邊緣；也有的在種子內部呈多次折疊，如棉花。
圖2 菜豆種子
圖3 蓖麻種子
禾本科植物的胚與其他單子葉植物一樣，隻有一個子葉，但胚的結構比較特殊。胚由胚芽、胚芽鞘、胚根、胚根鞘和胚軸組成。在胚軸的一側生有一片盾形子葉——盾片（圖4）。
圖4 小麥麥粒（果實）縱切面
胚乳 裸子植物的胚乳是由單倍體的雌配子體形成的，一般都比較發達，多儲藏淀粉或脂肪，也有的含有糊粉粒。胚乳一般為淡黃色、少數為白色，銀杏成熟的種子的胚乳呈綠色。
被子植物的胚乳是在雙受精過程中，一個精子與胚囊中的極核融合發育而成的多倍體結構。絕大多數被子植物在種子發育過程中都有胚乳形成，但在成熟種子中有的種類不具或隻具很少的胚乳，這是由於它們的胚乳在發育過程中被胚分解吸收瞭。一般常把成熟的種子分為有胚乳種子和無胚乳種子兩大類。
在無胚乳種子中胚很大，胚體各部分，特別是在子葉中儲有大量營養物質。在有胚乳種子中胚與胚乳的大小比例在各類植物中有很大不同。
不同植物種子中胚乳的壽命、數量以及儲藏物質的種類都有很大不同。胚乳中最普通的儲藏物質是淀粉、蛋白質和脂肪。還有些其他化合物，如甘露糖和半纖維素可以沉積在細胞壁上，如咖啡、柿子、海棗等就是以這種方式貯存養料。含淀粉的胚乳常常是沒有生命的，如燈芯草科、莎草科、禾本科、蓼科、石竹科中含淀粉的胚乳細胞成熟後細胞核退化；而在百合科、石蒜科、萱草屬、蓖麻屬和胡蘿卜屬中含淀粉的胚乳細胞是有生命的。
一般在胚和胚乳發育的過程中，胚囊體積不斷地擴大，以致胚囊外的珠心組織受到破壞，最後為胚和胚乳所吸收，所以在成熟的種子中沒有珠心組織。但有些植物在種子發育過程中珠心組織保留下來，並儲藏養料形成外胚乳（相對地可以把受精後形成的胚乳稱為內胚乳）。菠菜、甜菜、咖啡的成熟種子具有外胚乳。胡椒、薑的成熟種子兼有胚乳和外胚乳。
種子的壽命 種子成熟離開母體後仍是生活的，但各類植物種子的壽命有很大差異。其壽命的長短除與遺傳特性和發育是否健壯有關外，還受環境因素的影響。有些植物種子壽命很短，如巴西橡膠的種子壽命僅一周左右；而蓮的種子壽命很長，生活長達數百年以至千年。
實驗證實，低溫、低濕、黑暗以及降低空氣中的含氧量可保持和延長種子的壽命。例如小麥種子在常溫條件下隻能貯存2～3年；溫度在−1℃、相對濕度30%、種子含水量4%～7%的條件下，可貯存13年；溫度在−10℃、相對濕度30%、種子含水量4%～7%的條件下，可貯存35年。20世紀50年代以來，許多國傢利用低溫、幹燥、空調技術貯存優良種子，使良種保存由種植為主轉為貯存為主，大大節省瞭人力、物力並保證瞭良種質量。中國也在北京和西北地區分別建立現代化種子貯存庫，采用新技術保存瞭中國許多優良的植物品種。